Johannes IX var en frånTivoli bördigbenediktinmunk, son till en Rampoald, ochprästvigdes avFormosus. Man känner inte till när han var född, eller det exakta datumet han blev påve. Det senare inträffade första halvan av år 898.
Utnämningen av Johannes till påve blev skarpt kritiserat, och en grupp utsåg enmotpåve, Sergius av Cere (som senare blev påveSergius III). Johannes lyckades emellertid vinna tillräckligt stöd för sin utnämning, möjligen genom stöd från hertigarna avSpoleto, och Sergiusexkommunicerades samt fördrevs från Rom.
Johannes IX fördömde på ensynod iRom sergianerna, utfärdade bestämmelser rörandekonsekreringen av utnämnda påvar, samt erkändeLambert av Spoleto som kejsare. Under sitt pontifkat höll han flera andra synoder, där han också fördömde attStefan VII:s avsatt flera präster, vilka återfick sina ämbeten. Johannes beordrade att både kyrkliga och civila auktoriteter skulle förhindra att den barbariska seden att plundra biskops- och påvepalats vid dödsfall fortgick.
Vid en synod iRavenna beslutade han att alla steg skulle vidtagas för att få ett slut på våldet som begicks överallt.Slaverna iMähren vädjade till Johannes om att få en egenhierarki för att på så sätt behålla sin självständighet mot hotet frångermanerna. Utan att lyssna till de brev han fick tillsänt sig från några tyska biskopar, sanktionerade Johannes konsekrationen av enmetropolit och tre biskopar för den mähriska kyrkan.
På Johannes mynt finns kejsar Lamberts namn präglat samman med hans eget. Han avled år 900, ovisst vilket datum, och är begravd precis utanförPeterskyrkan.
