Johannes Frobenius, född omkring 1460, död27 oktober1527, var entysk boktryckare.
Frobenius grundade 1490 iBasel ett eget tryckeri, där han bland annat tryckte en latinsk bibel (1491), upplagor av kyrkofäderna (Hieronymus,Cyprianus,Tertullianus,Ambrosius med flera. Han tryckte ävenErasmus Rotterdamus skrifter. Frobenius skrifter blev berömde för sin noggrannhet och konstnärliga utstyrsel, ofta illustrerade medträsnitt avHans Holbein den yngre.
Johannes Frobenius son Hieronymus Frobenius (1501-1563) fortsatte tryckerirörelsen, som sedan övertogs av sönerna Ambrosius och Aurelius Frobenius.