Johan Wilhelm Lillja, född29 augusti1817 iKimito, död18 februari1878 iÅbo, var en finländsk bokförläggare och tidningsman.
Lillja inträdde 1850 som bolagsman iJ.C. Frenckell & Sons bokhandelsrörelse i Åbo och inköpteChristian Ludvig Hjelts boktryckeri där och tidningen "Åbo Underrättelser". År 1856 övertog han ensam bokhandeln. Med dessa affärer förenade han en bokförlagsverksamhet, som förFinlands dåvarande förhållanden var storartad.
Lillja utgav ett stort antal arbeten påsvenska ochfinska språken, bland dem en mängd läroböcker. Med bokhandeln förband han ett betydande lånebibliotek. Han utgav ävenBibliographia fennica hodierna (tre häften, 1846, 1848, 1858). Åren 1860–1865 var han själv redaktör för "Åbo Underrättelser". För ett oförsiktigt yttrande omRysslands polska politik hölls han någon tid 1865 fången påÅbo slott.