Jakob blevkatolik 1671, vilket ledde till försök att utesluta honom från tronföljden, och sedan till uppror av hertigen avMonmouth och earlArgyll. Slutligen bjöd de politiska ledarna in Vilhelm avOranien, sedermeraVilhelm III av England och erbjöd honom Englandstron somsamregent med Jakobs dotterMaria.
Jakob tvingades fly till Frankrike 1688 ("den ärorika revolutionen"). Det blev ett uppror i Irland 1689, men efter förlusten islaget vid Boyne 1690 förblev Jakob i Frankrike.
Åsikten att Jakob, och inte Vilhelm III eller Maria II, var den legitime härskaren blev känd som "jakobitism". Jakob själv försökte inte återkomma till tronen utan levde resten av livet underLudvig XIV:s beskydd. Hans sonJakob Edvard Stuart och hans sonsonKarl Edvard Stuart (Bonnie Prince Charlie) försökte återupprätta den jakobinska ätten efter Jakobs död, men misslyckades.
Jakob, andre överlevande son tillKarl I ochHenrietta Maria av Frankrike, föddes iSt. James's Palace 1633 och blevhertig av York1644. Under detengelska inbördeskriget, där hans far krigade mot parlamentets ochpuritanernas styrkor, stannade Jakob iOxford, ett rojalistiskt fäste. När staden kapitulerade1646 stängdes hertigen av York in i St James's Palace på befallning av parlamentet.1648 rymde han från slottet och for tillHaag i förklädnad. När Karl I hade blivit avrättad av rebellerna1649 utropade monarkister hertigens av York äldre bror,Karl, till kung Karl II. Karl II erkändes av parlamenten i Skottland och Irland, och kröntes i Scone i Skottland1651. Han kunde dock inte få Englands krona och flydde till Frankrike.
Liksom sin bror sökte hertigen av York en fristad i Frankrike och tjänade i den franska armén underTurenne.1656, när hans bror Karl bildade en allians medSpanien, en fiende till Frankrike, gick han med i den spanska armén underLouis, prins av Condé. Både Turenne och Condé prisade hans färdigheter.
År1660, närOliver Cromwell var död, återinsattes Karl II på Englands tron och hertigen av York återvände till England med honom. Trots att han var tronföljare tycktes det osannolikt att hertigen av York verkligen skulle ärva kronan, eftersom Karl fortfarande var ung och kunde skaffa barn. I september 1660 gifte sig hertigen av York (som också blevhertig av Albany i Skottland) medAnna Hyde, dotter till Karls främste minister,Edward Hyde, 1:e earl av Clarendon.
Hertigen av York inträdde iromersk-katolska kyrkan1668 eller1669. Hans protestantiska motståndare i parlamentet, ledda avAnthony Ashley Cooper, 1:e earl av Shaftesbury, såg till attTest Act antogs. Under denna akt var alla civila och militära tjänstmän tvungna att svära en ed (i vilken de inte bara var tvungna att ta avstånd fråntranssubstantiationsläran, utan även fördöma vissa bruk i katolska kyrkan som "vidskepliga ochavgudadyrkande") och mottanattvarden under den anglikanska kyrkans beskydd. Hertigen av York vägrade att utföra båda dessa handlingar och valde istället att avstå från posten somLord High Admiral.
Karl II motsatte sig konverteringen och befallde att hertigens barn skulle uppfostras som protestanter. Ändå tillät han hertigen av York (vars första fru hade avlidit1671) att gifta sig med katolikenMaria av Modena1673. Det engelska folket misstrodde katolicismen och såg den nya hertiginna av York som en agent förpåven.
År1677 försökte hertigen av York tillgodose protestanter genom att låta sin dotter Maria gifta sig med den protestantiske prinsen av OranienVilhelm III (som också var hans nevö). Trots denna eftergift fanns skräcken för en katolsk regent kvar och blev starkare på grund av att Karl II:s fruKatarina av Braganza inte fick några barn. En avsatt anglikansk kyrkoman,Titus Oates, talade osant om en "papistisk komplott" för att döda Karl och sätta hertigen av York på tronen. Den uppdiktade komplotten orsakade en våg av antikatolsk hysteri bland engelsmännen. Hertigen av York beslöt att lämna England och bege sig tillBryssel.1680 utnämndes hertigen av York tillLord High Commissioner of Scotland och bosatte sig iHolyrood Palace iEdinburgh.
I England försökte Lord Shaftesbury och andra utesluta hertigen av York från tronföljden. Vissa föreslog till och med att kronan skulle gå till Karl II:s oäkta sonJames Scott, 1:e hertig av Monmouth.1679, när ett lagförslag om uteslutning såg ut att bli godkänt, upplöste Karl II parlamentet. (Denna politiska kris medverkade till att det engelskatvåpartisystemet utvecklades;Whigs var de som stödde lagförslaget ochtories de som motsatte sig det.) Två ytterligare parlament valdes 1680 och1681, men upplöstes av samma orsak.
Efter att parlamentet upplösts 1681 inkallades inga fler parlament. Karl, som vid denna tid var mycket populär, tillät hertigen av York att återvända till England1682. "Rye House-komplotten"1683, en protestantisk sammansvärjning för att mörda både Karl II och hertigen av York, misslyckades totalt och ökade folkets sympatier för Karl och hans bror. York var nu åter inflytelserik i styret av riket, och blev ledare för torypartiet. Hans bror återinsatte honom på posten somLord High Admiral1684.
Karl II dogsine prole legitima (utan legitim avkomma)1685, och konverterade till katolicismen på sin dödsbädd. Han efterträddes av sin bror, som regerade i England och Irland som Jakob II, och i Skottland som Jakob VII. Jakob kröntes iWestminster Abbey23 april 1685. Till en början fanns föga av öppet motstånd mot den nye monarken och många konservativa anglikaner stödde honom rentav. Det nya parlament som samlades i maj 1685 tycktes vara vänligt sinnat mot Jakob och gick med på att ge honom en stor inkomst.
Hans domare, särskiltGeorge Jeffreys, 1:e baron Jeffreys (känd som "the Hanging Judge") straffade upprorsmakarna brutalt. Domare Jeffreys "blodiga rättsmöten" (Bloody Assizes) fick folket att uppfatta sin kung som en grym och barbarisk härskare. För att skydda sig själv från fler uppror strävade Jakob efter att upprätta en stor stående armé. Genom att han satte katoliker som befäl för flera regement hamnade kungen i konflikt med parlamentet. Parlamentet prorogerades i november 1685 och sammankallades aldrig mer under Jakobs regeringstid.
De religiösa motsättningarna förvärrades1686. I det uppgjorda rättsfalletGodden v. Hales blev ett antal domare tvingade av kungen att förklara att kungen kunde bortse från de religiösa inskränkningar som införts avTest Acts. Jakob utnyttjade denna rätt och tillät katoliker att inneha de högsta ämbetena i Storbritannien. Han mottog påvensnuntieFerdinando d'Adda, den förste representanten från Rom till London sedanMaria I:s tid. Jakobsjesuitiske biktfader,Edward Petre, var särskilt utsatt för protestanternas vrede.Utnämningspolitiken gjorde att kungen förlorade stöd från sina tidigare allierade Tories.
Jakob beordrade sedan attHenry Compton, den antikatolske biskopen av London, skulle avstängas och flera andra anglikaner på politiska poster blev avskickade. Iindulgensförklaringen (1687) upphävde han lagar som diskrimierade mot katoliker och andra religiöst oliktänkande. (Det är oklart om Jakob utfärdade deklarationen för att vinna politiskt stöd av frikyrkliga eller om han verkligen förespråkadereligionsfrihet). Jakob upplöste också parlamentet 1687 och reformerade sedan regeringen för att begränsa adelns makt.
Kungen väckte också motstånd genom sin politik i fråga omUniversity of Oxford. Han förargade anglikaner genom att tillåta katoliker att inneha viktiga poster vidChrist Church ochUniversity College, två av Oxfords största colleges. Ännu mer illa omtyckt var att han avsatte de protestantiska stryelseledamöterna vidMagdalen College och tillsatte en helt katolsk styrelse i deras ställe. Jakob ackrediterade påvens nuntie och gav statliga kontor åt fyra katolska biskopar.
I april1688 återutfärdade Jakob indulgensförklaringen och beordrade därefter anglikanska kyrkomän att läsa den i sina kyrkor. När ärkebiskopen av CanterburyWilliam Sancroft och sex andra biskopar (kända somde sju biskoparna) lämnade en skrivelse där de efterfrågade en omprövning av kungens religionspolitik blev de arresterade och anklagade för uppviglande förtal, men frikändes. Folkets oro ökades när drottning Maria födde en katolsk son och arvinge, James Francis Edward, i juni 1688. (Vissa hävdade att sonen var "understucken" och hade ersatt ett dödfött barn. Det finns dock ingen tillförlitlig bevisning som stöder denna anklagelse.) När de hotades av en katolsk dynasti började flera inflytelserika protestanter förhandla med Vilhelm III, prinsen av Oranien, som var Jakobs svärson. Vilhelm hade hyllats som protestantisk hjälte då han krigat mot den katolske kungen av Frankrike,Ludvig XIV.
Den30 juni 1688, samma dag som biskoparna blev frikända, bad en grupp protestantiska adelsmän, kända som de "odödliga sju" (Immortal Seven) prinsen av Oranien att komma till England med en armé. I september hade det blivit tydligt att Vilhelm ämnade invadera, men ändå avböjde Jakob hjälp från Ludvig XIV, då han fruktade att engelsmännen skulle motsätta sig fransk inblandning. Jakob trodde dessutom att hans egen armé skulle vara tillräcklig, men han visade sig vara för självbelåten, för när prinsen av Oranien anlände5 november 1688, hoppade alla kungens protestantiska befälhavare av. Hans egen dotter,Anna, anslöt sig till angriparna, vilket orsakade stor beklämning för kungen.11 december försökte Jakob fly till Frankrike, och kastade först det kungligasigillet iThemsen. Han blev dock tillfångatagen iKent. Prinsen av Oranien önskade inte att Jakob skulle bli en martyr och lät honom fly den23 december. Jakob togs emot av Ludvig XIV, som erbjöd honom ett slott och en generös pension.
När Jakob lämnade riket var inget parlament i session. Fastän ett parlament normalt kunde sammankallas av den regerande monarken sammankallade prinsen av Oranien ett irreguljärtkonventsparlament. (Proceduren att sammankalla ett konventsparlament hade tidigare använts när tronföljden var oklar. Det var ett konventsparlament som återinsatte Karl II på tronen efter detengelska inbördeskriget.) Konventet uttalade12 februari1689 att Jakobs försök att fly 11 december utgjorde en abdikation och att tronen då hade blivit vakant (istället för att gå till Jakob II:s son, James Francis Edward). Jakobs dotter Maria utnämndes till drottning. Hon skulle härska tillsammans med sin make Vilhelm III. De skotska ständerna följde det engelska parlamentets exempel11 april samma år.
Vilhelm och Maria gav därefter sitt samtycke till ett beslut som vanligen kallasBill of Rights. Denna bekräftade den tidigareDeclaration of Right, i vilken konventet hade uttalat att Jakobs flykt utgjorde en abdikation, och att Vilhelm III och Maria II skulle bli kung och drottning. Bill of Rights anklagade också Jakob II för att ha missbrukat sin makt. Bland annat kritiserade den upphävandet av Test Acts, rättegången mot de sju biskoparna för att enbart ha gjort en framställan till kronan, upprättandet av en stående armé och påläggandet av grymma bestraffningar. Dessutom avgjordes frågan om tronföljden. Först i tronföljden var Vilhelms och Marias barn (om de skulle få några), därefter prinsessan Anna och hennes barn, och slutligen Vilhelms barn i ett eventuellt senare äktenskap.
Med en fransk armé på sin sida landsteg Jakob på Irland i mars 1689, vilket blev början tillTvenne kungars krig. Det irländska parlamentet följde inte det engelskas exempel utan förklarade att Jakob fortfarande var kung. Han besegrades emellertid islaget vid Boyne1 juli1690. Han flydde till Frankrike efter nederlaget. För detta uppfattades han som feg och mycket av hans stöd upplöstes och han fick öknamnetSéamus an Chaca ("Skiten Jakob") på Irland.
I Frankrike tilläts Jakob bo i det kungliga slottetSaint-Germain-en-Laye. Ett försök att återinsätta honom på tronen genom att mörda Vilhelm III gjordes1696, men komplotten misslyckades. Ludvig XIV:s erbjudande att låta välja Jakob till kung avPolen samma år avböjdes, eftersom Jakob fruktade att han som kung av Polen skulle i det engelska folkets ögon göra honom oförmögen att bli kung av England. Därefter slutade Ludvig att erbjuda hjälp till Jakob och detta beslut formaliserades avfördraget i Rijswijk (ett avtal med Vilhelm III)1697. Under hans sista år levde Jakob som en anspråkslös botgörare. Han dog av en hjärnblödning1701 i Saint-Germain-en-Laye, där han blev begravd.
Jakobs yngre dotter Anna efterträdde Vilhelm III på tronen när denne dog1702. (Maria II hade dött1694.)Act of Settlement 1701 föreskrev att om den tronföljd som upprättats iBill of Rights skulle utslockna skulle kronan gå till en avlägsen tysk kusinSofia av Hannover och till hennes protestantiska arvingar. Därför ärvdes kronan när Anna dog1714 (kort efter Sofia) avGeorg I, Sofias son.
Jakob II:s son,James Francis Edward Stuart, känd av sina anhängare som "Jakob III och VIII" och av sina motståndare som "den gamle pretendenten" ("Old Pretender"), tog över jakobiternas sak och ledde ett uppror i Skottland1715, kort efter Georg I:s trontillträde, men besegrades. Senare uppror slogs också ned och efter upproret1745 gjordes inget allvarligt försök att återupprätta huset Stuart, även om några personer fortfarande är anhängare till jakobitismen.
James Francis Edward dog1766 och efterträddes av sin äldste sonCharles Edward Stuart (känd av sina anhängare som "Karl III" och av motståndarna som "den unge pretendenten""Young Pretender"). Charles efterträddes i sin tur av sin lillebrorHenry Benedict Stuart, enkardinal i katolska kyrkan. Henry var den siste av Jakob II:s legitima ättlingar. När han dog1807 övergickjakobiternas tronanspråk till en ättling till kungKarl I, kungKarl Emmanuel IV av Sardinien. För tillfället är Jakob II:s arvingeFranz, hertig av Bayern. Fastän hertigen av Bayern inte har gjort anspråk på tronen erkänns han av jakobiter som "Frans II."