Som ungdomstränare verkade han iVäxjö Norra (ungdomstränare) 1979–88, Vederslöv/Dänningelanda 1989,Östers IF (U20) 1990–93 ochHelsingborgs IF (U20) 1994–99.
2005 blev han förbundskapten till Sveriges ungdomslandslag för spelare födda 1989 och 2006 förbundskapten förSveriges U21-landslag, som han bland annat ledde i U21-EM 2009.
Sitt första uppdrag som seniortränare var iHelsingborgs IF när han år 2000 klev upp från ungdomslaget och blev assisterande tränare under 2000 till 2001.[2] Sedan var det nya utmaningar medBK Häcken[3] 2002–2004 där han avslutade med att vinnaSuperettan 2004. Efter en sejour i norskaStabæk blev han tränare iElfsborg, som han ledde till SM-guld 2012.[4] Därefter tog han över rodret för ännu ett Göteborgslag, den här gången var detIFK Göteborg.[5] Sedan gjorde Lennartsson samma resa återigen, och tog överLillestrom, som spelade iEliteserien.[6] Där fick han sparken efter att klubben hamnat på kvalplats.[7]
Den 23 december 2020 blev det officiellt att Jörgen Lennartsson var tillbaka i Helsingborgs IF där han tidigare verkat under åtta år.[8] Han kom till en klubb som haft det svårt under ett flertal år och som trillat urhögsta divisionen för att spela iSuperettan 2021.[9] Lennartssons assisterande tränareMattias Lindström kände han sedan tidigare då han tränat Lindström för flera år sedan. Lennartsson har även en bakgrund som tränare för bland andraSven Andersson,Andreas Landgren ochAndreas Granqvist.[10] Den 22 maj 2022 meddelade Helsingborgs IF att de valt att avskeda Lennartsson då klubben placerade sig på nedflyttningsplats efter tio spelade omgångar iAllsvenskan.[11]
Jörgen är från 1 september 2025 akademichef och utvecklingsansvarig iÖrgryte IS.[12]