Gregorius VI, föddJohannes Gratianus, född iRom, död1048 iKöln, varpåve från den1 maj1045 tills hanabdikerade den20 december1046.
Johannes Gratianus varärkepräst avSan Giovanni a Porta Latina och påveBenedictus IX:sgudfar. Påven var ung och ville gifta sig, och rådfrågade sin gudfar om detta kunde gå för sig. Gratianus köpte då pontifikatet från sin gudson, och uppsteg själv på Heliga stolen med namnet Gregorius, medan Benedictus lämnade Rom.
Gregorius upphöjelse till påve hyllades av bland andraPetrus Damianus, men i kyrkan fanns fler aspiranter till posten, och i övrigt stora svårigheter i och med ett utbrett rättsligt förfall. Till sin hjälp att återställa den civila och religiösa ordningen hade Gregorius Hildebrand, som senare skulle bli påveGregorius VII. Många inflytelserika präster såg dock ingen annan utväg ur förfallet än attgermanerna ingrep militärt och vände Gregorius ryggen, medanHenrik III ryckte fram mot Italien. Kejsaren och påven kom överens om att sammankalla till ensynod i Sutri, den20 december1046. Vid synoden förklarades motpåvenSylvesters anspråk som påve ogiltiga. Vid samma synod anklagades Gregorius försimoni, vilket han erkände, och han avgick på begäran av biskoparna. Johannes Gratianus och Hildebrand följde Henrik III tillbaka Tyskland, där Gratianus snart avled.