Medicinsk kemi är ett område på gränsen mellankemi ochmedicin.
När beteckningen används på svenska avser den vanligen den del av kemin som ligger närafysiologi, och utgör närmast medicinskbiokemi. I denna form finns ämnet normalt företrätt på medicinska fakulteter i Sverige, ibland under namnetmedicinsk och fysiologisk kemi.
Internationellt används beteckningen medicinsk kemi också som synonym förfarmaceutisk kemi, och utgör i denna betydelse en del avfarmakologin som är fokuserat påläkemedelssubstansers kemi.
Medicinsk kemi skall inte förväxlas medklinisk kemi, som är ett ämnesområde som är inriktat påkemisk analys i klinska/medicinska tillämpningar.