I äldre utgåvor avLiber Pontificalis uppges Eugenius vara son till en Boemund, men den uppgiften utelämnas i de senare utgåvorna. Han var före utnämningen till påveärkepräst avSanta Sabina, och skall i den egenskapen ha utsmyckat sin kyrka med mångamosaiker och metallsmiden på vilka hans namn ännu kunde läsas på 1500-talet.
Eugenius valdes somadelspartiets kandidat till påve den5 juni824; adelspartiet hade flyttat fram sina positioner under företrädaren, och sökt stöd hosfrankerna. Eugenius utnämning erkändes av kejsarLudvig den fromme, och han sände sin son Lothar till Rom i triumf över att frankerna härigenom stärkt sin ställning och för att stärka detta ytterligare. De adliga romare som flytt tillFrankerriket kunde genom denna påveutnämning återvända och Eugenius återlämnade deras egendomar som hadekonfiskerats.
Lothar lyckades år824 med påven och befolkningen nå en uppgörelse,Constitutio Romana, som regleradeKyrkostatens förvaltning. Påvevalet skulle enligt denna förrättas av prästerskapet och adeln, men före sinkonsekration skulle den nyvalde påven i närvaro av ett kejserligt sändebud svära kejsaren trohet; detta var analogt med att påven tidigare vänt sig tillBysantinska rikets kejsare för godkännande. Vidare fastslogs att alla folkslag skulle dömas i civilmål enligt deras egen författning (romersk rätt,salisk lag,langobardisk lag), samt att de som stod under påvens eller kejsarens beskydd var okränkbara. Rättvisan skulle utdömas av två kommissioner (missi), en påvlig och en kejserlig. FastänConstitutio Romana gav kejsaren vittgående maktbefogenheter, fastslog den också att alla lydde under påven.
Ludvig inverkade inte i någon högre grad på den påvliga politiken; under den så kalladebildstriden intogkurian en annan ställning än kejsardömet, och i rent kyrkligt avseende betecknar Eugenius II:spontifikat snarast ett ytterligare steg i påvedömets emancipation från den kejserliga överhögheten.
På ensynod i Rom826 vidtogs på kurians föranstaltande viktiga åtgärder för att höja prästerskapets bildning och sedlighet. Bland annat fastslogs att obildade biskopar och präster skulle suspenderas tills de skaffat sig erforderlig utbildning, och attkatedralskolor skulle upprättas för utbildning i teologi och politik. Från Eugenius finns också ett brev tillAnsgar, Nordens apostel.
Med hänsyftning till traditionen förmodas Eugenius ha blivit begravd iPeterskyrkan.
