Agapetus var född i Rom, men det exakta datumet är okänt. Han var son till Gordianus, en romerskpräst, som blivit ihjälslagen vid upploppen under påveSymmachus dagar.
Han upphöjdes frånärkediakon till påve år 535. hans första offentliga handling var att inför en församling präster brännaBonifatius II:sanatema över sin bortgångne motståndareDioskurus, med falska anklagelser omsimoni, som Bonifatius hade givit order om att bevaras i de romerska arkiven.
Under tiden förberedde den bysantinske generalenBelisarius, efter en mycket lättköpt seger överSicilien en invasion av Italien. EfterAmalasunthas död, begärde kungTeodahad avostrogoterna som sista utväg av den åldrade påven, att han skulle sända enambassad tillKonstantinopel och på så sätt använda sitt personliga inflytande för att blidka kejsarJustinianus I. För att finansiera denna ambassad var Agapetus tvungen att sälja heliga kärl som tillhörde kyrkan i Rom. Vid midvintertid sände han fembiskopar, I februari536 uppträdde han själv i österns huvudstad, och mottogs med all den ära som förväntades av en katolska kyrkans överhuvud. Agapetus försök misslyckades emellertid, och Justinianus kunde inte låta sig övertalas till att låta bli att hävda sitt imperiums rätt över Italien.
Från ecklesiastikal synvinkel ledde påvens visit trots allt till triumf övermonofysitismen som Belisarius stred för. Anthimos I, som då varpatriark av Konstantinopel, hade anslutit sig till kryptomonofysiterna iTrebizond, där församlingen med kejsarinnanTeodora intrigerade för att undergräva beslutet frånkonciliet i Chalkedon. Under Agapetus visit i huvudstaden, lade prästerskapet fram anklagelser att den utsedde patriarken Anthimos var en förrädare och kättare. Agapetus avkrävde honom en skriftlig trosbekännelse och att återkomma till sitt patriarkat; när han vägrade vägrade påven ha något mer med honom att göra. Kejsaren, som fördes bakom ljuset av sin hustru, uppretades av detta och hotade påven med bannlysning. Agapetus lär då ha svarat: ”Med ivrig längtan har jag kommit för att åse den mest kristna av kejsare Justinianus. I dess ställe finner jag enDiocletianus, vars hot, dock, skrämmer mig icke.” Ett sådant tal fick Justinianus att tappa målföret; så småningom blev Justinianus övertygad om att Anthimos var en avfälling, och hade inga invändningar mot att påven avsatte patriarken. För första gången i kyrkohistorienkonsekrerade en påve personligen en patriark, då Agapetus konsekrerade Anthimos lagliga efterträdare Mennas.
Detta påvligaprerogativ glömdes inte i första taget av östkyrkan, som liksom västkyrkan vördar honom somhelgon. Strax efter att han emottagit kejsarens ångerfulla trosbekännelse, blev Agapetus sjuk och han avled den 22 april 536. Hans kvarlevor fördes till Rom och finns iPeterskyrkan.
Det finns ett antal brev bevarade från Agapetus, bland annat brev där han fördömerarianismen.
