Burrs liv tog en dramatisk vändning efter det att han iWeehawken iNew Jersey11 juli1804 utkämpat enduell medAlexander Hamilton, vilken avled efter att ha träffats av skottet från Burrs pistol. Burr anklagades förmord, menåtal kom aldrig att väckas. Burr rannsakades förhögförräderi 1807, då president Jefferson anklagade honom för att ha velat avskilja de västra delarna av USA till ett eget land (den så kallade Burr-konspirationen). Han frikändes, men fanns skyldig till att ha stämplat för att starta krig medSpanien för att erövraMexiko.
Efter högförräderirättegången förde Burr kringflackande liv i Europa under några år, bland annat vistades han en tid iSverige. Han kom tillbaka till USA och slutade sitt liv somadvokat iNew York.
Aaron Burr är den eponyme hjälten iGore Vidals romanBurr 1973 (på svenska somDuellen 1975),[2] som ifrågasätter den traditionella tolkningen av Burr som mördare och förrädare.
