Peptidni lanci koji su dovoljno kratki da se mogu sintetički napraviti su se tradicionalno nazivali peptidi, umestoproteini. Međutim, sa razvojem sintetičkih metoda, peptidi sa više stotina aminokiselina se mogu napraviti, što obuhvata proteine poputubikvitina.Prirodna hemijska ligacija omogućava formiranje još dužih proteina, tako da je ova konvencija u znatnoj meri zastarela.
Jedna druga konvencija stavlja stavlja neformalnu liniju podele na dužinu od približno 50 aminokiselina. Ta definicija je u nekoj meri arbitrarna. Dugački peptidi, poputamiloidnog beta peptida vezanog zaAlchajmerovu bolest, se smatraju proteinima; i mali proteini, kao što jeinsulin, mogu se smatrati peptidima.
Glavne klase peptida na osnovu njihovog načina nastanka su:
Mlečni peptidi
Mlečni peptidi se formiraju iz mlečnih proteina enzimatskim razlaganjem enzimima varenja, ili proteinazama formiranim od stranelaktobacila tokom fermentacije mleka. Za nekoliko mlečnih peptida je bilo pokazano da imaju antihipertenzivne efekte kod životinja i u kliničkim studijama (vidi jošLaktotripeptidaze).
Ovi peptidi se formirajuenzimima koji su specifični za svaki peptid, umesto putem ribozoma. Naj rasprostranjeniji ne-ribozomalni peptid jeglutation, koji je komponentaantioksidantske odbrane mnogih aerobnih organizama.[5] Drugi ne-ribozomalni peptidi koji su uobičajeni uunicelularnim organizmima,biljke, igljive su sintetizovanimodularnim enzimskim kompleksima koji se nazivajune-ribozomalni peptidne sintetaze.[6] Ti kompleksi imaju sličnu strukturu, i oni mogu da sadrže mnoge različite module kojima izvršavaju raznovrsne hemijske manipulacije na produktima tokom njihove gradnje.[7] Ti peptidi su čestociklični i mogu da imaju visokokompleksne ciklične strukture, mada su linearni ne-ribozomalni peptidi takođe uobičajeni. Pošto je ovaj sistem blisko srodan sa mašinerijom za građenjemasnih kiselina ipoliketida, hibridna jedinjenja se često nalaze. Prisustvooksazola ilitiazola često indicira da jedinjenje bilo sintetizovano na ovaj način.[8]
Peptoni
Peptoni nastaju iz životinjskog mleka ili mesa varenjem proteolitičkim digestijom. Sem malih peptida, rezultujući materijal sadrži masti, metale, soli, vitamine i mnoga druga jedinjenja. Pepton se koristi u hranljivim medijumima za gajenje bakterija i gljiva.[9]
Peptidni fragmenti
Peptidni fragmenti su delovi proteina koji se koriste za identifikaciju ili kvantifikaciju izvornog proteina.[10] Oni su često produkti enzimatske degradacije izvedene u laboratoriji na kontrolisanom uzorku, ali takođe mogu da budu forenzički ili paleontološki uzorci koji su se degradirali prirodnim putem.[11][12]
^Torres AM; Menz I; Alewood PF; et al. (2002). „D-Amino acid residue in the C-type natriuretic peptide from the venom of the mammal, Ornithorhynchus anatinus, the Australian platypus”.FEBS Letters.524 (1-3): 172—6.PMID12135762.doi:10.1016/S0014-5793(02)03050-8.
^Du L, Shen B (2001). „Biosynthesis of hybrid peptide-polyketide natural products”.Current Opinion in Drug Discovery & Development.4 (2): 215—28.PMID11378961.
^Webster J, Oxley D (2005). „Peptide mass fingerprinting: protein identification using MALDI-TOF mass spectrometry”.Methods in Molecular Biology.310: 227—40.PMID16350956.doi:10.1007/978-1-59259-948-6_16.
^Marquet P, Lachâtre G (1999). „Liquid chromatography-mass spectrometry: potential in forensic and clinical toxicology”.Journal of Chromatography. B, Biomedical Sciences and Applications.733 (1-2): 93—118.PMID10572976.doi:10.1016/S0378-4347(99)00147-4.
