GNU систем се обично користи у комбинацији сајезгромлинукс, које је развијено ван пројекта GNU. Ова комбинација чини потпуно функционалан оперативни систем,ГНУ са линуксом (GNU/Linux), који се међутим често назива само „Линукс“. За детаље погледајтеГНУ и линукс - спор око имена.
GNU-ови програми се често користе и самостално. Није неуобичајено наћи компоненте GNU-а инсталисане навласничким јуникс системима уместо првобитних јуникс програма – посебно оних који су алатке за програмирање и који се често називају заједничким именомGNU-ов скуп алатки. (Што је само мали део целине GNU система.) Користе се на овај начин јер су се показали као супериорни у односу на еквивалентне јуникс верзије, чак и онда када нису потпуно сагласни са стандардомPOSIX. Такође, због популарности комбинације GNU са линуксом, многи који раде на развоју софтвера инсталишу GNU-ов скуп алата на друге системе збогкомпатибилности или зато што скуп ради уједначено на свим платформама. Многи GNU-ови програми су такође пребачени (ported) наMicrosoft Windows,Мекинтош OS X и разне друге власничке платформе. Међутим, разлог за постојање портова (преноса, тј. и других верзија) је да помоGNU да се ти системи замене слободним софтвером.
Пројекат GNU је јавно оглашен27. септембра1983. године надискусионим групамаnet.unix-wizards иnet.usoft. Прави рад на пројекту је почео5. јануара следеће године, када је Столман дао оставку наМИТ-у да би избегао могућност да универзитет полаже било каква права или да омете расподелу (дистрибуцију) GNU-а као слободног софтвера. Првобитна објава је праћена Столмановим „[[Манифест GNU-а|Манифестом GNU-а]]“ и другим есејима у којима је изложио своје мотиве за пројекат GNU, од којих је један био и „враћање духа сарадње који је преовлађивао у рачунарској заједници у њеним ранијим данима“.
Када је GNU предложен,власнички оперативни системјуникс је већ био у широкој употреби. Будући да се архитектура јуникса показала технички стабилном, систем GNU је дизајниран тако да буде компатибилан са њим. Архитектура Јуникса је омогућавала да GNU буде написан од појединачних софтверских компоненти. Оне компоненте које су већ биле слободно доступне, као што су систем за прелом текстаТеК и графички системИкс Windows ће бити прилагођене и поново искоришћене, док ће недостајуће бити написане од нуле.
Године 1985. Столман је основаонепрофитну организацијуЗадужбину за слободан софтвер (ЗСС), да би пружала логистичку, правну и финансијску подршку пројекту GNU. ЗСС такође запошљава ипрограмере да доприносе GNU-у, мада је значајан део развоја био (и још увек је) дело добровољаца. Како се GNU све више истицао, тако су заинтересовани бизниси почели да доприносе развоју или продаји GNU софтвера и техничке подршке. Најистакнутији и најуспешнији од ових је био СајGNUс Солушнс (Cygnus Solutions), данас деоРед Хета (Red Hat).
Да би осигурао да GNU софтвер остане слободан, пројекат је1989. године издао прву верзијуGNU-ове Опште јавне лиценце (GNU-ова ОЈЛ, познатија по енглеској скраћеници GNU GPL). Ову лиценцу данас користи највећи део GNU програма, као и велики број програма слободног софтвера који нису део пројекта GNU; то је једна од најчешће коришћенихлиценци слободног софтвера на свету. Она даје право свима који приме програм да га покрећу, копирају, мењају и прерасподељују (дистрибуирају) а истовремено им брани да наметну даља ограничења на копије које они расподеле. Ова идеја се називакопилефт (copyleft).
До1990. године, систем GNU је имао проширивуређивач текста (Емакс), врло успешан оптимизујућипреводилац (компилатор) (GCC) као и већину основних библиотека и алатки једне стандардне јуникс дистрибуције. Главна компонента која је још увек недостајала је билојезгро. У Манифесту GNU-а, Столман је поменуо да „основе језгра постоје, али нам недостаје још особина до емулације јуникса“. Он је мислио наTRIX, језгро са удаљеним позивом поступка (remote procedure call kernel), које је развијено на МИТ-у и чији су аутори одлучили да га расподељују бесплатно (for free) а који је био компатибилан саверзијом 7. јуникса. У децембру1986. почео је рад на прилагођавању овог језгра. Међутим, развојни тим је на крају одлучио да је оно бескорисно као почетна тачка зато што се могло покренути једино на „реткој и скупој 68000 платформи“ („an obscure, expensive 68000 box“) и да би га зато требалопортовати (пребацити, пренети) на друге платформе пре него што уопште буде коришћено. До1988. је уместо њега разматраноMax (Mach), језгро са слањем порука (message-passing kernel), које је развијано наУниверзитету Карнеги Мелон, мада је његово издање као слободног софтвера одложено до 1990. године, док развојни тим није уклонио код који је био власништвоАТТ-а (AT&T).
Будући да је Мах обезбеђивало само најниже функције језгра, Пројекат GNU је морао да развије делове вишег нивоа језгра, и то као збирку корисничких програма. Ова збирка је првобитно требало да се зове Аликс (Alix), али је касније развијачу (developer)Мајклу Бушнелу (Michael Bushnell) драже било део именаКрдо (Hurd), па је Аликс прво померено за име подсистема и на крају и коначно избачено. На крају се развој Крда отегао због техничких и сукоба личности.
Године 1991.Линус Торвалдс (Linus Torvalds) је написао јуникс компатибилно језгролинукс. Мада првобитно није био слободан софтвер, Торвалдс је лиценцу променио на GNU-ову ОЈЛ1992. Линукс су даље развијали разни програмери прекоИнтернета. 1992. је комбиновано са GNU системом, што је за резултат имало потпуно функционалан слодобаноперативни систем. GNU систем се најчешће среће у овом облику, и обично се назива „системGNU-а са линуксом“ или „дистрибуцијом линукса“. Од2005. Крдо је у спором развоју те је сада званично језгро GNU система. Постоји такође и пројекат који ради на преношењу GNU система на језгра FreeBSD-ја и NetBSD-ја.
У јануару 2004. године било је укупно 260 GNU пакета удомљених на GNU-овом сајтуСавана (Savanah) који служу у ту сврху. Остали се могу наћи на другим местима.
„GNU Форум”. - Велики спољни незванични форум који удомљујеNabble. Архивира листе слања многих GNU-ових пројеката, што омогућава лакше прегледање и претраживање.
