Poput mnogihrestrikcionih endonukleaza, EcoRI sadrži PD..D/EXK motiv unutar svog aktivnog mesta. On se tipično koristi za izolaciji i restrikciju bakterijskeplazmidne DNK. U EcoRI ovaj motiv se sastoji od ostataka P90, D91, E111, A112, K113(2)1.
Ovaj enzim jehomodimer podjedinica sa 31 kD, koje sadrže globularne domene sa α/β arhitekturom. Svaka podjedinica sadrži petlju izvan globularnog domena koja se obavija oko DNK pri vezivanju..[2][3]
EcoRI je kokristalisan sa sekvencom koju normalno preseca. Taj kristal je korišten za rešavanje strukture kompleksa1QPS. Rešena kristalna struktura pokazuje da su podjedinice enzimahomodimeri koji simetrično interaguju sa DNK.[2] U kompleksu, dvaα-heliksa sa svake podjedinice zajedno formiraju heliksni svežanj.[4] Na interagujućim heliksima su ostaci Glu144 i Arg145, koji formiraju prsten putem kojeg dva aktivna mesta enzima komuniciraju.[5]
^Kurpiewski, M. R., Engler, L. E., Wozniak, L. A., Kobylanska, A., Koziolkiewicz, M., Stec, W. J, Jen-Jacobson, L (2004). „Mechanisms of coupling between DNA recognition and catalysis in EcoRI endonucleases”.Structure.12: 1775—1788.PMID15458627.doi:10.1016/j.str.2004.07.016.CS1 одржавање: Вишеструка имена: списак аутора (веза)
^Kim, Y. C., Grable, J. C., Love, R., Greene, P. J., Rosenberg, J. M. (1990). „Refinement of Eco RI endonuclease crystal structure: a revised protein chain tracing”.Science.249 (4974): 1307—1309.PMID2399465.doi:10.1126/science.2399465.CS1 одржавање: Вишеструка имена: списак аутора (веза)