Bajraku (shqip.flamuri) ka qenë një njësi territorialeosmane që përbëhej nga fshatra në zona malore nëBallkan, mbi të cilën mbështetej rekrutimi ushtarak. U instalua në fund të shek. XVI duke u përpjekur të kryente edhe funksione gjyqësore. Në thelb të bajrakut qëndronte organizimi i vjetër shoqëror ifisit dhe i farës[1].
NëShqipëri, përgjatë viteve të paspavarësisë, institucioni i bajrakut vijoi të funksiononte si një pikë referimi morale për doket zakonore, institucionet e të cilit njiheshin si burim i së drejtës.
Bajraku përbënte një njësi ushtarake të territorializuar, përbëhej nga një apo më shumë fise, por u aplikua gjithashtu në krahina më homogjene dhe jofisnore. Institucioni administrativ i bajrakut iu mbivendos dhe integroi brenda vetes institucionet etnografike tëmalit dhedheut. Institucione të cilat nuk ishin lënë në harresë: institucioni më i lartë i pleqnimit kanunor nëLurë quhej “Kuvendi i Dheut të Lurës”[2], në Lumë ka patur vise banorët e të cilave quheshinmalësorë dhe të tjerëdhetarë[3], në një mikrotoponim tëShkodrës i referohet një rrapi siÇinari i Hoxhë Dheut - titull që i jepej në kohët e shkuara gjyqtarit paqtues për fshatrat[4]. Në rastin eShkrelit një gjë qe fisi i Shkrelit, një gjë është bajraku i Shkrelit si njësi administrative dhe një gjë ështëmali i Shkrelit që lidhej me qënien e njëbylykbashi.Kelmendi nuk ka qenë një bajrak i vetëm, por njëmal me katër bajrakë (kjo pas ~1860), Gruda trajtohej simal me dy bajrakë, ndërsa nuk kishte një fisGrudë.[1]
Bajrakut i printebajraktari, tek i cili ishte integruar figura e të parit të fisit, ose në rast se nuk ishte përfaqësues i ndjesive të fisit a bashkësisë, atëherë i pari i fisit quhejvojvodë, pavarësisht përzgjedhjes së bajraktarit nga autoritetet osmane. Bajraktari kishte detyrim t'u përgjigjej autoriteteve osmane kur i kërkohej të thërritte burra në armë në këmbim të privilegjeve, dhe ndonjëherë kryente detyra administrative dhe juridike të rëndësishme. Bajraku lidhjen me aparatin administrativ lokal e bënte përmesbylykbashit.
Bajraqët mund të afroheshin drejt një lloj federimi, mbase për t'iu afruar njësisë etnografike që fiset ishin para se të instalohej ky institucion. Bashkësi bajrakësh të këtij lloji mund të përmendenMalësia e Madhe e njohur siShtatë Malet[5],Dukagjini,Malësia e Gjakovës, etj. Ekzistojnë po ashtu ndër krahina etnografike jofisnore në formën e njëbashkësie krahinore, si Mati, Dibra,Luma,Hasi, etj[6].
Sa u përket viseve shqiptare përmendja e parë e ofiqit tëbajraktarit në mënyrë të përsëritur nga studjuesit ndodh më 1696[7]. Duke u mbështetur në tetë brezat derës të bajraktarëve tëHotit, sipas gojëdhënës së kësaj shtëpie, duke marrë për të mirëqenë se nuk e morën tagrin e bajraktarëve prej kujt tjetër përveç autoriteteve osmane, e shpie formimin e këtij institucioni në fundshekullin e XVII[1].
SipasDurham dheHasluck posti i bajraktarit ka qenë i trashëgueshëm sipas lisit të gjakut, por sipasZojzit ndër të gjitha pozitat e fisit vetëm posti i bajraktarit nuk ka qenë i trashëgueshëm për shkak se sherre për kryesinë mund të lindnin gjithnjë.[8] Në krahinat jofisnore të Shqipërisë së Mesme, siShpati dheMartaneshi, ofiqi i bajraktarit dorovitej nga një familje tek tjetra. Në raste dorëheqje nga bajraktari i trashëguar, mund të kishte një formë regjence nga një i afërm i besuar siç qe rasti iMirditës në mërgimin e gjatë tëPreng Bibë Dodës, krahina u pri prejMarka Gjonit, në rastin eMatit kurAhmet bej Zogu qe arrestuar nga austro-hungarezët, krahina qeverisej nga e ëmaSadije hanëmi[9].
Një bajraktar nga Veriperëndimi (Malësia e Madhe) paguhej trefish dhe merrte tri racione. Bajraktari iShalës merrte dy pagesa dhe dy racione, një si bajraktar dhe tjetra si individ. Gjithashtu merrte pagesa dhe racione për tre të besuar të tij, dy prej të cilëve e ndiqnin në luftë, ndërsa i treti i ruante familjen, shtëpinë dhe katandinë.
Si administrator bajraktari nuk kishte rrogë fikse, megjithatë fitonte prej pleqnive, tek të cilat paguhej sa njëplak osepleqnar. Sipas dokeve të zonave bëheshin edhe pagesat[10].
Gjatë çerekut të dytë të shekullit XIX institucioni i bajrakut filloi të gjurmohej nga studjuesit e parë evropianë, i pariBoué.Hahn me dy botimet e tij "Studimet shqiptare" dhe "Udhëtime në viset e Drinit dhe Vardarit" bëri të njohur këtë ndarje administrative në qarqet akademike tëEvropës. Por asnjëri nuk iu përkushtua studimit të këtij institucioni, duke e parë gabimishit si një përftim spontan i vetëdijes fisnore.
Zef Jubani është i pari studjues shqiptar që, sadopak, u mor me çështjen e bajrakut. Shkrimi i tij "Aktualiteti i popullit shqiptar të Shqipërisë së Epërme" botuar më 1871 bashkë me "Përmbledhje këngësh popullore..." është dëshmia e parë e cekjes së institucionit të bajrakut nga inteligjenca shqiptare.
Përveç datës së sipërthënë për përmendjen e bajraktarit, dokumenti më i hershëm i njohur, që vërteton qënien e bajrakut në Malësi të Madhe, është një shkresë e vitit 1738 e lëshuar nga komanda eUshtrisë Mbretërore Osmane, që u drejtohet bajraktarëve dhe pleqve të Hotit në lidhje me emërimin eHasan Hotit bylykbash i atij mali[1]. Dinamika e trevave që u shndërruan në bajrakë bënë që të kishte kryengritje për të dalë nga rendi iziameteve dheçifligjeve i ndonjë feudali, gjatë këtij procesit ndonjë emërtim etnografik edhe ndryshoi: krahina që më parë dokumentohej si Shulla, u quajtHas nga shekulli i XVI e më pas. Thyerja epashallëqevetë Shkodrës dheJaninës bënë që ndonjë bajrak edhe u prish, kjo për arsye administrativo-ushtarake për t'i mpakur resurset njerëzore.
Sipas vendimit tëKongresit të Berlinit,Malit të Zi përveç tokave të tjera shqiptare iu dhanë edhe bajraqëtShestan,Triesh,Fundna,Kojë dhe pjesërisht ata të Anamalit eArbneshit tëKrajës. Në disa vise shqiptare me të përfunduar procesi i sllavizimit u tjetërsua organizimi i vjetër shoqëror në bajrakët Merkot e Tuxhemil të kazasë sëTivarit, atëherë popullsi kryesisht shqiptare, por të konvertuar më pas në fenëislame, doket zakonore u zëvendësuan ngaSheriati dhe deri më 1878 këta bajrakë kryenin vetëm funksionet ushtarake.[1]