Mikrobiomet hos mennesker består av 500–700 forskjelligearter mikroorganismer lokalisert til alle kroppens overflater og hulrom (allhud,nese,munnhule,fordøyelseskanalen,urinveier ogvagina.

Et menneske består av om lag like mange kroppsceller som bakterieceller (ca. 3 × 10¹³), noe som også har skapt diskusjon om hva som utgjør et individ. Mikrobiomet er også blitt omtalt som et egetorgan. Deler av mikrobiomet blir overført til avkommet viafødselskanalen. De første oversiktene over mangfoldet i menneskets mikrobiom kom i 2012.

De fleste dyr mangler enzymer som er nødvendig for å fordøye cellulose fra celleveggene i planter og derfor avhengig av mikroorganismer for å kunne nyttegjøre seg dette som næring.

Drøvtyggere erplanteetendepattedyr med eivom med mikroorganismer som fordøyercellulose,hemicellulose og andrepolysakkarider fra planter. Mikroorganismene produsererflyktige fettsyrer som tas opp i blodbanen til dyret, og er den viktigste energikilden. Dessuten danner dekarbondioksid ogmetan. Mikroorganismene lager også vitaminer og aminosyrer som dyret trenger. Med jevne mellomrom gulpes det halvomsatte graset og annet plantemateriale opp, tygges på nytt og svelges og havner i den fordøyende magen. Mikrobiomet bevares slik i vomma.

Hvis husdyr brått får myekorn i kosten som inneholder myestivelse vilmelkesyrebakterier lage store mengdermelkesyre som surgjør vomma og dreper den normale bakteriefloraen, en tilstand kaltacidose.

Plantespisere som ikke er drøvtyggere, men som fordøyer cellulose, har en blindtarm som inneholder et mikrobiom som omsetter cellulose.

Mikroorganismene som lever i tykktarmen hos disse mistes ved avføringen. Dyret kan derved ikke utnytte proteininnholdet imikrofloraen på veien gjennom magen slik som drøvtyggerne.

Derfor spiserkoprofage dyr somhare,kanin ogbever sin egen myke avføring for å bøte på dette. Næringen som er blitt produsert fra mikroorganismene kan deretter tas opp i tynntarmen, og etter andre gangs passering kommer planterestene fra fordøyelsen i avføringen som harde runde kuler, i motsetning til den myke avføringen som blir spist.

Mindre er kjent om mikrobiomet hos marine organismer, men det utføres studier. Eksempelvis studeresbardehval som spiserkrill med høyt innhold avkitin ieksoskjelettet, og som er tungt fordøyelig.

Tubeormer som lever på store havdyp med vulkansk aktivitet og hydrotermiske ventiler mangler munn og fordøyelsessystem, men lever på næringen produsert avkjemoautotrofe bakterier som bare trenger karbondioksid, oksygen, hydrogensulfat og nitrat for å vokse.

• mikroorganisme
• symbiose – biologi
• symbiose – medisin
• kommensaler
• endofytt

• Human Microbiome Project

• The Human Microbiome Project Consortium: Structure, function and diversity of the healthy human microbiome, Nature 486, 2012, 207-21
• The Human Microbiome Project Consortium: A framework for human microbiome research, Nature, 486, 2012, 215-221
• Wickramasinghe S, Pacheco AR, Lemay DG and David A. Mill DA:Bifidobacteria grown on human milk oligosaccharides downregulate the expression of inflammation-related genes in Caco-2 cells.BMC Microbiol. 2015; 15: 172 doi:10.1186/s12866-015-0508-3
• Apprill A:Marine Animal Microbiomes: Toward Understanding Host–Microbiome Interactions in a Changing Ocean. Front. Mar. Sci., 18 July 2017. doi.org/10.3389/fmars.2017.00222
• Sanders JG, Beichman AC, Roman J, Scott JJ, Emerson D, McCarthy JJ & Girguis PR:Baleen whales host a unique gut microbiome with similarities to both carnivores and herbivores. Nature Communications volume 6, Article number: 8285 (2015). doi:10.1038/ncomms9285