Magisterium er et begrep fraalkymi. Det ble opprinnelig brukt om en metode for omvandling av stoffer, men kom med tiden til også å bety det middelet som fikk omvandlingen til å skje.Det store magisterium betegnet derfor både omvandlingen avuedle metaller tilgull og middelet,de vises stein, som fikk til denne omvandlingen.

Magisterium er også et begrep iden katolske kirke som brukes om kirkens rett til å bestemme sin egen lære. Denne retten utøves avpaven.