Uppsala er universitets- og skoleby, medUppsala universitet, grunnlagt 1477 som det første i Norden, og Sveriges landbruksuniversitet (på Ultuna, 7 km sør for sentrum), som ble opprettet i 1977 ved sammenslåing av flere eldre institusjoner. Byen har flere sykehus, blant annet Akademiska sjukhuset, grunnlagt i 1708. Uppsala er sete for den svenskeerkebiskop siden 1273. Uppsala er også garnisonsby, med blant annet flyvåpenets luftkrigsskole. Upplandsmuseet er länsmuseum for Uppsala län.

Byens eldste deler, Fjärdingen, ligger på vestsiden av Fyrisån. De dominerende byggverk her erUppsala slott (nå landshøvdingsresidens og landsdelsarkiv), påbegynt i 1545, skadet ved brann i 1702, senere restaurert, og domkirken, bygd mellom 1270-årene og 1435 i franskgotikk og med to tårn (seUppsala domkirke). Her blekongekroningene foretatt.

Ved domkirken ligger 1600-tallsbygningene Skytteanum ogGustavianum (opprinnelig universitetsbygning med blant annetanatomisk teater, nå museum), og Trefaldighets- eller Bondkyrkan (cirka 1300). Lenger sør liggeruniversitetsbiblioteket, Carolina Rediviva, hvor blant annet biskopWulfilas gotiske bibeloversettelse,Codex argenteus, blir oppbevart.

Spredt sør- og vestover ligger en rekke universitetsinstitutter. Bydelene på østsiden av Fyrisån, Svartbäcken og Kungsängen, er preget av regelmessig gatenett fra 1600-tallet, og er sentrum for byens næringsvirksomhet. Her ligger Stora torget med rådhuset (1713), og Linnéträdgården (medLinné-museum), opprinnelig anlagt sombotanisk hage på 1600-tallet.

EtterErik den helliges død her omkring 1160 ble stedet, som da het (Östra) Aros, sentrum for Erik-dyrkelsen, og i 1273 ble erkebispesetet flyttet hit fraGamla Uppsala. Senere brakte de store markedene, blant andre Eriksmässan, ytterligere oppsving, likeså universitetet, Nordens eldste, grunnlagt i 1477. Slottet ble ofte oppholdssted for hoffet og møtested for riksdager, og byen var en slags reservehovedstad under stormaktstiden på 1600-tallet.

Størsteparten av byen brant i 1702, da også domkirken og slottet led store skader. Med åpningen av jernbanene i siste halvdel av 1800-tallet fikk Uppsala snart atskillig industri og mistet en del av sin karakter av ren universitetsby; særlig etter 1900 har det vokst opp store boligstrøk i ytterkantene. Uppsala hadde norsk flyktningleir og gymnas underandre verdenskrig.