Den humanistiske bevegelsen var enbibelbevegelse. Den ville i likhet med Luther føre kristendommen tilbake til dens sanne kilder, og de var først og fremst å finne iBibelen. Kirkelige tradisjoner uten støtte i Bibelen skulle avskaffes. Zwinglis prekener i Zürich var bibelorienterte på en annen måte enn det som hadde vært vanlig før. I stedet for kirkelig fastsatte prekentekster (såkalteperikoper) fra ulike evangelietekster la han opp til å preke kontinuerlig over kapittel etter kapittel i ettevangelium til han var ferdig.

Prekenene bød på mye kritikk av katolsk kristendom, og det første temaet som førte til en alvorlig konfrontasjon, var spørsmålet omfaste i tiden førpåske. Sammen med flere andre brøt Zwingli demonstrativt fastereglene og spiste pølser i fastetiden i 1522. Han publiserte også entraktat der han forsvarte fastebruddet. Byrådet støttet ham først ikke, men avviste samtidig at den katolskebiskopen iKonstanz skulle ha siste ord når det gjaldt religiøse spørsmål i Zürich. Her ville byrådet bestemme selv.

Et viktig særtrekk ved reformasjonen i Zürich var at den ble gjennomført på grunnlag av offentligedisputaser. De to viktigste fant sted i 1522 og 1523. Flere hundre mennesker fra Zürich og området rundt var til stede begge gangene, og også den katolske biskopen var invitert til å delta i diskusjonene. Viktige spørsmål som var oppe til debatt, var kravet omsølibat, bruk avbilder i kirkene og forståelsen avnattverden. Den katolske siden lyktes dårlig i å forsvare gamle tradisjoner, og byrådet gikk stadig klarere inn for å støtte Zwinglis reformer. En viktig konsekvens var at bilder ble fjernet fra kirken i Zürich. De var etter Zwinglis syn i strid medDe ti bud i Bibelen, der det første budet også er et påbud om ikke å lage seg gudebilder.

I årene etter den andre disputasen ble skillet mellom partene videre utdypet, og flere av dem som hadde forsvart den gamle troen, forlot byen. Klostre ble oppløst, og klostrenes eiendom ble overtatt av byrådet og brukt til støtte for syke og fattige.

Noen av reformasjonens tilhengere i Zürich mente at Zwingli inngikk for mange kompromisser med byrådet, og at han ikke gikk langt nok. Fra 1524 markerte de seg som en egen radikal gruppe. Et sentralt stridspunkt ble spørsmålet ombarnedåp. De radikale ville praktiseredåp av voksne som bekreftelse på ekte tro. Temaet var oppe til debatt flere ganger både i byrådet og i Grossmünster. Resultatet ble at byrådet i 1526 vedtok atgjendåp var forbudt og skulle straffes med døden.

En av de fremste talsmennene forgjendøperne, Felix Manz, trosset forbudet og fortsatte med gjendåp. Han ble dermed arrestert, stilt for retten og henrettet ved drukning i elvaLimmat 5. januar 1527. Senere ble tre andre gjendøpere henrettet i Limmat på samme måte. Zwingli utga i 1525 en traktat der han forsvarte barnedåpen ogpolemiserte mot gjendøperne. Han forsvarte også den behandlingen gjendøperne fikk av den politiske øvrigheten i Zürich. Manz er gått inn i historien som gjendøperbevegelsens førstemartyr. Gjendøpere ble etter hvert forfulgt og henrettet både i katolske, lutherske og reformerte deler av Europa.

Zwingli og Luther var omtrent like gamle, og deresteologi har mange felles anliggender. Zwingli hevdet likevel selv å ha kommet fram til sitt reformatoriske syn uavhengig av Luther.

De to møttes ved én anledning, etter at landgreve Philipp avHessen hadde innkalt dem til samtaler på sitt slott iMarburg for å få slutt på uenighet dem imellom i synet pånattverden. Samtalene førte ikke fram, og Zwingli fastholdt sitt syn på nattverden som et minnemåltid derKristus var symbolsk til stede i brødet og vinen. Luther, på sin side, insisterte på at Jesu legeme og blod bokstavlig talt var til stede i brødet og vinen ved utdelingen i nattverden. Han begrunnet dette ved å henvise til Jesu ord iDet nye testamentet: «Dette er mitt legeme som gis for dere» (Luk 22,19). Når Jesus sa «er», mente han det bokstavelig og ikke symbolsk, hevdet Luther.

Nattverden i Zürich ble ikke feiret som en hellig handling oppe ved alteret, men midt i kirken ved et rundt bord der alle troende skulle være like.