Under en lokalkristenforfølgelse i 200 til 204 evt. led hans far martyrdøden. For å livnære familien åpnet Origenes en skole i klassiske studier, samtidig som han studerte under filosofenAmmonios Sakkas, som også varPlotins lærer. Her ble han godt kjent med de fleste middelplatonske filosofers verker. Da det brøt ut en ny forfølgelse i 206 til 210, gikk biskopen og de fleste av prestene i dekning, og Origenes ble betrodd undervisningen av dåpskandidater. I 211 opplevde han en form for omvendelse. Han stengte skolen, solgte sine klassiske bøker, etter en overilet tolkning avMatteusevangeliet kapittel 19, vers 12, og viet seg til bibelstudier, veiledet av en palestinsk jøde som var blitt kristen. I 215 til 216 besøkte han Roma og vendte så tilbake til Alexandria, der han fortsatte sine studier av Bibelen.

Til hjelp i studiene utarbeidet han sin berømteHexapla ('den seksfoldige') der teksten tilDet gamle testamentet er satt opp i seks kolonner: den hebraiske teksten, den hebraiske teksten med greske bokstaver, samt fire ulike greske oversettelser. Senere utvidet han deler av teksten til hele ni versjoner (Enneapla). Dessuten utgav han, som Clemens av Alexandria, en dogmeskisse kaltStromata ('Lappeteppe'). Hans forståelse av oppstandelsen ble kritisert som for åndelig.

Under et besøk i Arabia, omtrent det nåværendeJordan, kom han i disputas medgnostikere. Mot dem hevdet han at siden Gud er én og god, har han skapt alle mennesker like og med fri vilje. Ulikheter i livsskjebne skyldes et syndefall i pre-eksistensen, en teori som må forståes ut fra platonsk filosofi. Etter forskjellige eksistensformer vil etter hvert alle sjeler og hele skapningen forsones med Gud, og alt vil bli gjenopprettet i sin første harmoni (apokatastasis); selv djevelen kan bli frelst, hvis han vil. Denne tanken, som Origenes fremsetter som en hypotese, er ikke det samme som sjelevandring, som han forkastet som overtro. Det er i verketDe principiis (Peri arkhôn, 'Om alle tings begynnelse') Origenes fremsetter sine forsøk på en systematisk fremstilling av den kristne tro. Her skisserer han sintreenighetsteologi ogkristologi, selv om boken først og fremst ble skrevet for å forsvare hanseksegetiske metode. Origenes skjelnet mellom tre ulike måter å forstå Skriften på: den bokstavelige (eller historiske), den moralske (Skriftens betydning som rettledning for den enkeltes moralske og åndelige liv) og den mystiske eller allegoriske (hele Skriften, ogsåDet gamle testamente, taler om Kristus og de kristne mysterier).

I 230 ble motstanden i Alexandria mot ham så kraftig at han flyktet til Palestina, der han ble godt mottatt av biskopene av Jerusalem og Caesarea. Sommeren 232 ble han presteviet av Theoktist av Caesarea og drog deretter til Aten. Demetrius av Alexandria ble rasende og protesterte blant annet til pave Pontianus av Roma. Origenes forsvarte seg mot de beskyldninger som ble rettet mot ham. Fra 234 slo han seg ned i Caesarea, der han hadde sin mest produktive periode fra 235 til 248. I preken og skrift kommenterte han omtrent samtlige bøker i Det gamle og Det nye testamente. Origenes var den mest produktive av alle forfattere i antikken, kristne som hedninger. I 249 skrev han det bemerkelsesverdige verketContra Celsum (Kata Kelsou, 'Mot Celsus') for å forsvare kristendommen mot middelplatonikeren Celsus' perfide, men intelligente angrep. Han ble satt i fengsel under Decius' forfølgelse i 250 til 251 og døde kort tid etter, sannsynligvis som følge av tortur.

Origenes hadde en enorm betydning for de greske kirkefedre på 300-tallet, og forskjellige aspekter av hans teologi danner bakgrunnen for dekristologiske stridigheter. Han var først og fremst bibelteolog, men han var også den første som forsøkte å gi en samlet, dogmatisk fremstilling av den kristne tro. Mange av hans verker ble tidlig oversatt til latin (ved Rufinus) og var kjent og elsket i middelalderen. I 400 ble han fordømt på ensynode i Alexandria, men forsvart av pave Anastasius og biskopene i Palestina. Keiser Justinian fikk en del læremeninger som ble oppfattet som origenistiske, for det meste løsrevne utdrag fraDe principiis, fordømt på en lokalsynode i Konstantinopel 543. Fordømmelsen ble forsøkt stadfestet av kirkemøtet i Konstantinopel (553), men dette skjedde sannsynligvis ikke ifølge den nyeste forskning.

• tidlig kristendom
• teologi
• kristendommens historie