Niels Thomessøn var en norsk teolog og forfatter. Han regnes som en av våre mest lærdehumanister selv om det er lite skriftlig materiale han har etterlatt seg.

Niels Thomessøn ble utdannet i København,Rostock ogLeiden. Ved farens død i 1630 ble han kalt hjem for å overta en rektorstilling etter sin bror. I 1636 ble han suspendert fra stillingen på grunn avinjurier, men ble samme år utnevnt til prest på Toten, senereprost over Hadeland. Her ble han resten av livet, bortsett fra en periode da han var suspendert på grunn av et opposisjonelt skrift som ikke var godkjent avsensuren i København.

Foruten etleilighetsdikt og et studentarbeid er det bare rebusbokenCestus sapphicus, tilegnet arveprinsen (senere kongChristian 5), som finnes etter ham. Boken er ment å være til underholdning, selv omrebusene er svært avanserte og krever stor kunnskap. Den kom ut i 1661, og foreligger i en ny utgave med oversettelse til engelsk (i Vibeke RoggensIntellectual Play – word and Picture, 2001).