Michael Haydn var fødd i den austerrikske landsbyenRohrau, og var fire år yngre enn storebroren Joseph. Som åtteåring blei han, som Joseph, send tilWien for å vere gutesopran i Stefansdomen under hoffkapellmeister Georg Reutter den yngre. I tenåra var Michael rekna som den mest lovande av dei to, og frå tolvårsalderen arbeidde han som organistvikar i kyrkja.

I 1753 gjorde stemmeskiftet det uråd for Michael å halda fram som korgut, og han gjekk etter dette i lære hjåjesuittordenen i nokre år. I 1760 blei han kapellmeister for erkebiskop Adam Patachich i Großwardein (i dagOradea iRomania), men flytta allereie i 1762 til Salzburg, der han blei hoffkonsertmeister under erkebiskop Sigismund Christoph Schrattenbach i Salzburg, ei stilling han skulle behalda resten av livet. Michael meistra å arbeide under den vanskelege etterkommaren til Schrattenbach, erkebiskopHieronymus Colloredo, langt betre enn Mozart, og tok òg over stillinga hans som hofforganist i 1782.

I 1768 gifta han seg med songarinna Maria Magdalena Lipp (1745–1827). Det einaste barnet deira, Aloisia Josepha Haydn blei fødd i 1770, men døydde få dagar før den fyrste fødselsdagen sin.

Mot slutten av livet sitt vann Michael mykje merksemd i Wien, og skreiv mellom anna fleire kyrkjeverk forkeisarfamilien. I 1802 blei han tilboden stillinga som kapellmeister for prinsNicolaus Esterházy – den gamle stillinga til Joseph, som han ikkje meir var i stand til å utføra – men dette blei aldri noko av.

Haydn var populær som komposisjonslærar i 1790-åra. Blant elevane hans finn ein komponistar somAnton Diabelli ogCarl Maria von Weber.

I Salzburg var Michael i nær kontakt med Mozart-familien, og dei hadde stor respekt for kvarandre. Samstundes var han kritisert avLeopold Mozart for drukkenskap, sannsynlegvis som eit resultat av at han i 1777 fekk ei organiststilling Leopold hadde ynskt for sonen sin,Wolfgang Amadeus Mozart.

Mozart helt musikken til Michael svært høgt, og etter at han flytta til Wien prøvde han ofte å få sendt kopiar av kyrkjemusikken hans frå Salzburg. Symfoni nr. 25 av Michael var lenge feiltilskriven Mozart, og blei katalogisert som hans symfoni nr. 37, då Mozart hadde kopiert symfonien og skrive ei langsam innleiing som ikkje høyrde til originalen. Mistaket blei fyrst oppdaga i 1907.

Michael Haydn skreiv musikk i dei fleste samtidige musikkgenrar, men er i dag hovudsakleg hugsa for kyrkjemusikken sin, som omfattar 47messer og meir enn 300 mindre kyrkjeverk. Joseph Haydn meinte at kyrkjeverka til Michael var betre enn hans eigne. Mykje av musikken han skreiv under erkebiskop Colloredo var prega av å skulle vere tilpassa dei opplysningstidsinfluerte kyrkjereformene til keisarJosef 2., og er relativt korte verk. Som ei forgreining av denne eksperimenterte ein med ein tyskspråkleg liturgi, og Michael tonesette denne fleire gonger.

Av den verdslege musikken til Michael er det dei 43 symfoniane hans som har fått mest merksemd i moderne tid.

• musikk i klassisismen
• Joseph Haydn