Under møtet i statsrådet 14. april 1784 fikk kronprins Frederik sin far kongChristian 7. til å undertegne to dokumenter. Det ene fastslo at Høegh-Guldberg og hele regjeringen ble avsatt og erstattet av Bernstorff og hans støttespillere. Det andre fastslo at alle fremtidige kongelige befalinger måtte ha kronprinsens medsignatur for å være gyldige.Arveprins Frederik protesterte høylytt, og det oppstod håndgemeng. Men kronprinsen hadde sikret seg de undertegnede dokumentene, ogstatskuppet var et faktum. Formelt regjerte fremdeles Christian 7., men den reelle makten lå fra nå av hos kronprins Frederik, som snart la for dagen en tydelig vilje til å markere egne meninger.

De første årene av Frederiks regentskapstid var i Danmark preget av de store «landboreformer», som tok sikte på å redusere de store godseiernes makt. Kronprinsen var oppriktig opptatt av reformene, og dastavnsbåndet ble opphevet i 1788, var det med kronprins Frederiks støtte, til tross for at det førte til at to av hans ministre gikk av. At kronprinsen også gav sin støtte til andreliberalereformer, bidro utvilsomt til å øke hans popularitet iborgerlige kretser, selv om hans reformiver avtok etter nyhetene omrevolusjonen i Frankrike.

I 1788 besøkte Frederik Norge for første og eneste gang. Fra juni til august foretok han en rundreise sammen med sin fetter prinsFriedrich av Hessen og hans far, landgreveCarl av Hessen-Kassel, som hadde vært kommanderende general i Norge i 1770-årene. Bare et drøyt år tidligere hadde myndighetene kvalt en gryende norskbondeoppstand ved å arrestere lederen,Christian Lofthuus. Kronprinsen ogmonarkiet ble like fullt hyllet og feiret fraTrondheim i nord tilKristiansand i sør. Kronprins Frederik stod høyt i gunst hos nordmennene etter flere nye reformer.

Mens kronprinsen og hans følge var på vei fraFredrikstad tilChristiania 28. juni 1788, gikk svenskekongenGustav 3. til angrep påRussland. Som Russlands allierte måtte Danmark-Norge oppfylle sine forpliktelser. Et norskhjelpekorps på 10 000 mann gikk inn iBohuslän i slutten av september. Kronprins Frederik, som bare så vidt var kommet tilbake tilKøbenhavn etter norgesferden, ville selv delta ifelttoget. Etter at de norske styrkene hadde vunnet en trefning ved Kvistrum bro og inntatt byeneUddevalla ogVänersborg, gjorde han inntog i Christiania i midten av november. Krigen ble verken lang eller blodig, først og fremst fordiStorbritannia overtalte Sverige til å gå med påvåpenhvile. I Norge ble krigen kalt «tyttebærkrigen», fordi troppene måtte spe på de magre matrasjonene med skogens grøde, og dårlig forsyningstjeneste og usle sanitære forhold kom til å ta atskillig flere liv enn selve krigen gjorde.

I løpet av 1790-årene tok kronprins Frederik gradvis mer direkte grep om makten, spesielt etter at Bernstorff døde i 1797. Reformarbeidet hadde fortsatt, med blant annet opphevelse avpressesensuren (1790), forbud mot slaveimport i de danske koloniene iVestindia (1792/1803) og en ny og mer liberal tollovgivning (1797). I Norge ble det kongeligemonopolet på handel med Finnmark opphevet i 1789. Tre nye kjøpsteder grunnlagt i det nordligste Norge –Vardø,Hammerfest (begge 1789) ogTromsø (1794). Fra 1795 ble dessuten tømmereksporten frigitt. Men kronprinsen ville ikke oppfylle ønsket om en egen norsk bank og et eget universitet, to saker som flere ganger hadde vært reist fra norsk hold.

I 1790 inngikk kronprinsen ekteskap med sin kusine, prinsesseMarie Sofie Frederikke av Hessen. De fikk 8 barn, men bare to døtre vokste opp: arveprinsesse Caroline (1793–1881), som ble gift med arveprins Frederik Ferdinand (1892–1863), og prinsesse Vilhelmine (1808–1891).

De mange barnefødslene hadde slitt på dronningens helse, det ekteskapelige samlivet skrantet. Frederik skaffet seg etter hvert en elskerinne,Frederikke Benedicte («Bente») Rafsted, senere kjent som «fru Dannemand», som han fikk fire barn med. Mot slutten av sitt liv gav han henne offisiell status, og barna fikkadelsrang; den eldste sønnen ble utnevnt tilgreve i 1839.

Som utenrikspolitiker var Frederik mer preget av idealer og prinsipper enn avrealisme og smidighet. Dette ble stadig tydeligere etter hvert som han overtok mer av styringen av utenriks- og sikkerhetspolitikken. Da Frankrike erklærte krig mot Storbritannia i 1793 (revolusjonskrigene), ville kronprinsen innta en offensivnøytralitet for å ivareta rikets handels- og skipsfartsinteresser. Utenriksminister Bernstorff frarådet dette, fordi han fryktet at det ville bringe tvillingrikene i åpen konflikt medStorbritannia ogHolland. Året før hadde Danmark-Norge inngått en nøytralitetsavtale med Sverige, og i flere år var det felles skandinavisk nøytralitetsvakt iNordsjøen. Etter langvarig press fikk københavnske og svenske kjøpmenn fra 1798 seile ikonvoi med marinefartøyer, noe som naturlig nok førte til konfrontasjoner med britene. Sommeren 1800, etter at en dansk konvoi var blitt oppbrakt i Nordsjøen, la en britiskeskadre seg i Øresund og truet København. Konvoipolitikken ble da midlertidig oppgitt.

På initiativ fra kronprins Frederik ble det rett før jul 1800 inngått etvæpnet nøytralitetsforbund rundt Østersjøen under Russlands ledelse. Men allerede våren 1801 sendte britene en flåte medLord Nelson som nestkommanderende til Østersjøen for å presse danskene til å gå ut av nøytralitetsforbundet.

Kronprinsen og utenriksministerChristian Bernstorff, sønn avA. P. Bernstorff, stod overfor et alvorlig dilemma. De visste at det ville være umulig å forsvare København over lengre tid; samtidig var de redde for at de ved å gi etter ville sette hele riket i fare. Frankrike, som hadde alliert seg med Russland mot Storbritannia, hadde gjort det klart at dersom Danmark-Norge ikke tok opp kampen mot britene, skullePreussen besettehertugdømmene ogJylland, mens Sverige med russisk hjelp skulle erobre Norge. Frederik besluttet å forsvare København og flåten. Forsvar av viktige havner og farvann ble forberedt og et stort antall norske matroser utkommandert.

Kampen om København begynte om morgenen 2. april 1801. I løpet av få timer var befestningene utenfor hovedstaden overvunnet, og den britiske flåten gjorde seg klar til å bombardere byen. Imidlertid tokLord Nelson initiativ til forhandlinger om våpenstillstand. Beslutningen om å forhandle var kronprinsens egen; sjefen for Københavns kystforsvar, kommandør Olfert Fischer, som var blitt såret under kampene, ble ikke rådspurt. Forhandlingene var vanskelige, men da det ble kjent at den russiske keiserenPaul 1. var blitt myrdet, vurderte kronprinsen det slik at de fransk-russiske truslene om invasjon ikke lenger var så overhengende, og han gikk med på våpenhvile med britene.

Etter konflikten med Storbritannia i 1801 oppgav Danmark-Norge den offensive nøytralitetspolitikken, og frem til 1807 holdt tvillingrikene seg strengt nøytrale. Men da Russland sluttet seg tilNapoleon Bonapartes strategi om å stenge havnene på kontinentet for skipsfart til og fra Storbritannia, ble de skandinaviske landene utsatt for sterkt press for å gå med ifastlandsblokaden. Alternativet var krig med både Frankrike og Russland.

Britene på sin side krevde at den dansk-norske flåten skulle stilles under britisk kommando eller utleveres til britene som pant på tvillingrikenes nøytralitet. Storbritannia sendte en større flåtestyrke og en invasjonsstyrke på 16 000 mann tilØresund. Forhandlinger førte ikke frem, og 16. august 1807 ble de britiske troppene landsatt påSjælland. De danske styrkene som skulle komme hovedstaden til unnsetning, ble slått i det såkalte «treskoslaget» vedKøge. Etter tre netter med bombardement av København, som led store menneskelige og materielle tap, kapitulerte Danmark-Norge 7. september, og den dansk-norske flåten ble utlevert til britene. Den brutale bombingen av København og «flåteranet» la i mange år en demper på dansk-britiske forbindelser, og kronprinsen så ikke noen annen utvei enn å gå i allianse med Frankrike. Traktaten ble undertegnet iFontainebleau 31. oktober 1807. Dermed var Danmark-Norge med iNapoleonskrigene.

Allerede en måned tidligere hadde kronprinsen tatt konsekvensen av krigstilstanden mellom Danmark-Norge og Storbritannia ved å utstede etkaperreglement. Dette åpnet for at danske og norskefribyttere nærmest fritt kunne drive lovhjemletsjørøveri mot britiske skip og varer (sekaperkrigen). Kaperfarten var lønnsom, men danske og norske skip var også utsatt forprisetaking fra britisk side. Et stort antall norske sjøfolk kom til å tilbringe flere år i britiske fengsler («prisonen»).

Som følge av alliansen med Frankrike ble Danmark-Norge presset til krig mot Russlands arvefiende Sverige. De første krigsforberedelsene ble gjort allerede i august 1807, da kronprinsen oppnevnte en interimistisk (midlertidig)regjeringskommisjon for Norge, under ledelse av kommanderende generalsønnafjells, prinsChristian August avAugustenborg (hvis bror var gift med kronprinsens søster). Kommisjonen fikk selvstendig myndighet i norske sivile saker, og en av dens hovedoppgaver ble å sørge for tilførsel av forsyninger, spesieltkorn. Samtidig ble kystvernet rustet opp med mannskap og materiell, blant annet en rekke nybygde ro- og seilbåter med lett artilleri (kanonjoller og -sjalupper) til erstatning for den tapte flåten (sekanonbåtkrigen).

Sverige hadde ikke gitt etter for Russland og Frankrike, og vinteren 1808 gikk Russland til angrep påFinland. Kronprinsen og utenriksministeren regnet da med at Danmark-Norge ikke lenger var interessant som alliert for russerne, samtidig som det var fare for at Russland kunne tilby svenskene hjelp med å erobre Norge. Men tvillingrikene var uten en operativ flåte og allerede i krig med Storbritannia, og det var lite de kunne sette imot; de måtte gå til krig mot Sverige.

Christian 7. undertegnet krigserklæringen mot Sverige 29. februar 1808, trolig uten å vite hva han skrev under på, og bare 14 dager senere døde han iRendsburg.

Kronprins Frederik besteg tronen som Frederik 6. Som en av sine første regjeringshandlinger bestemte han at alle saker heretter skulle forelegges for kongen direkte, og han selv skulle bestemme om sakene skulle tas opp i statsrådet, som dermed i praksis ble satt ut av funksjon. Kongenskabinett ogadjutantstaben, de såkalte «røde fjær», ble hans nærmeste rådgivere.

Det svenske angrepet på Norge ble innledet 1. april 1808 (sekrigen mellom Norge og Sverige i 1808–1809). De norske forsvarsstyrkene var tallmessig underlegne, men under prins Christian Augusts kyndige ledelse klarte de å stoppe den svenske fremrykkingen og drive fienden tilbake over grensen. I flere av trefningene (blant annet islaget ved Trangen 25. april) ble det tatt mange krigsfanger. En våpenstillstandsavtale ble inngått i desember 1808, men utover vinteren ble det klart at den norske hær på grunn av den desperate forsyningssituasjonen ikke ville kunne motstå et eventuelt nytt angrep.Regjeringskommisjonen i Christiania, som var blitt forsterket med grevHerman Wedel Jarlsberg, bad derfor kongen om tillatelse til å inngå en separat avtale om våpenhvile med Sverige og Storbritannia, men fikk blankt avslag. Kongen ville ikke overlate utenrikspolitikken til nordmennene, og det med god grunn: Wedel hadde i hemmelighet stått i forbindelse med svenske utsendinger, og det er sannsynlig at Christian August kjente til hans planer, men valgte å tie om dem.

Frederik 6. hadde oppfordret det svenske folk til å gjøre opprør mot kongGustav 4. Adolf, som nå hadde lidd tap på to fronter. Opprøret kom fra en gruppe offiserer, som fikk avsatt kongen 13. mars 1809. De hadde en hemmelig avtale med prins Christian August om at nordmennene ikke skulle utnytte situasjonen til et angrep på Sverige. Frederik 6. betraktet seg selv som en mulig kandidat til å overta den ledige svenske tronen, men hans uvilje mot å imøtekomme de krav til reformer som opprørerne reiste, ødela hans sjanser. Isteden gikk tilbudet til prins Christian August, som i mellomtiden hadde sabotert kongens ordrer om å gå til nytt angrep på Sverige. I begynnelsen av august utnevnte kongen Christian August tilstattholder i Norge, men den svenskeriksdagen hadde da allerede valgt ham til svensk tronfølger, og han tok imot valget ved juletider. Som hans etterfølger i Norge utnevnte Frederik 6. sin fetter og svoger, prinsFriedrich av Hessen.

Kongen hadde lenge vært alvorlig bekymret over den økende norske viljen til løsrivelse, og han kunne ikke lenger motsette seg kravene om særnorske institusjoner. Motvillig lot han det nystartedeSelskabet for Norges Vel få pryde seg med betegnelsen «kongelig» fra 1810, og året etter gav han etter i universitetssaken: Det Kgl. Frederiks Universitet i Christiania (nåUniversitetet i Oslo) ble opprettet 2. september 1811 (og bar kongens navn helt til 1939).

Da krigstrusselen på ny ble overhengende i 1813, sendte Frederik prinsChristian Frederik, sin halvfetter og tronfølger, til Norge for å erstatte Friedrich av Hessen som stattholder. Friedrich trengtes til å lede forsvaret av Danmark mot et eventuelt angrep fra kontinentet, mens kongen håpet at Christian Frederik kunne bidra til å motvirke de norske uavhengighetsbestrebelsene. Slik kom det ikke til å gå.

Christian August døde etter få måneder som svensk tronfølger, og sommeren 1810 valgte svenskene en av Napoleons generaler, Jean Baptiste Bernadotte, til kronprins under navnetKarl Johan. Han gikk raskt i gang med å endre den svenske utenrikspolitikken, og 1812 inngikk han en avtale med den russiske keiserAleksander 1. om felles front mot Napoleon, som samme år innledet en invasjon i Russland. Karl Johan skulle angripe Napoleons styrker i Tyskland, mens keiseren skulle lede et felles angrep mot Danmark for å tvinge Frederik 6. til å avstå Norge til Sverige. Den svensk-russiske alliansen, som britene sluttet seg til etter noen måneder, drev Frederik 6. inn i et enda tettere forbund med Napoleon. Men Napoleons russiske felttog endte med nederlag vinteren 1813, og i oktober samme år seiret Karl Johan over franskmennene i slaget vedLeipzig og erobret deretterhertugdømmene.

For første gang siden 1808 søkte Frederik råd hos statsrådet, som mente at det ikke fantes noen annen utvei enn å forhandle med svenskene. Med Østerrike som mellommann ble det innledet forhandlinger. Den danske sjefforhandlerEdmund Bourke formidlet Karl Johans krav om avståelse av Norge til kongen, som etter noen dagers betenkning gikk med på det uunngåelige: Vedfredsavtalen, som ble undertegnet i Kiel natten mellom 14. og 15. januar 1814, avstod Frederik 6. hele Norge til den svenske kongen. Han fikk imidlertid beholdeFærøyene,Island ogGrønland, og skulle dessuten få SvenskForpommern og 1 millionriksdaler som kompensasjon for tapet av Norge.

Nyheten omKielfreden nådde Norge i slutten av januar, og ble fulgt av et brev fra Frederik til Christian Frederik, der han bad ham om ikke å motsette seg gjennomføringen av fredstraktatens bestemmelser. Christian Frederiks reaksjon var å stille seg i spissen for den norske selvstendighetskampen (se1814 – Det selvstendige Norges fødsel). Han ble valgt til norsk konge og regjerte frem til oktober 1814 (da Norge gikk inn i unionen med Sverige). Frederik lot Christian Frederik beholde den danske tronfølgerverdigheten etter at han hadde vendt tilbake til Danmark, og han etterfulgte Frederik som konge ved dennes død 1839.

Hva var egentlig Frederik 6.s rolle i den siste tiden førKielfreden og i månedene etterpå? Norske historikere tegnet lenge et unyansert negativt bilde av kongen, ikke minst med utgangspunkt i det de oppfattet som enevoldskongens stahet og manglende evne eller vilje til å forstå Norges spesielle behov og stilling innenfor helstaten. Med støtte i blant annet den danske historikeren Axel Linvalds analyser av hendelsene i 1813–1814 har norske historikere, medKnut Mykland i spissen, i vår egen tid tegnet et annet bilde av den siste dansk-norske unionskongen. Frederik hadde ett klart mål for sin politikk, nemlig å prøve å bevare helstaten for sin slekt, og mye tyder på at han med dette for øye bevisst spilte et dobbeltspill med hensyn til avståelsen av Norge.

Til støtte for dette synet anfører historikerne blant annet den såkalte «juledepesjen», som Christian Frederik sendte til kongen juledag 1813. Der spurte Christian Frederik kongen direkte om tillatelse til å stille seg i spissen for et nasjonalt opprør mot en eventuell avståelse av Norge til kongen av Sverige. Tanken om et opprør hadde kongen selv vært inne på i et brev til Christian Frederik tidligere i desember. Selv om Frederik ikke offisielt kunne gi sin støtte til en slik handlemåte, lot han det skinne igjennom at han var velvillig innstilt. Samme dag som Kielfreden ble inngått, gav kongen ordre om at det skulle sørges for nye kornforsyninger til Norge, «mens det ennå er tid». Korn var en av hovedforutsetningene for at Norge skulle kunne holde ut i en eventuell konflikt med Sverige og stormaktene, men slik støtte fra Danmark til Norge var forbudt etter Kieltraktaten. I et nytt brev til Christian Frederik i mars 1814 nevner kongen at han har gitt sin fetter i Norge et løfte, og dette er senere tolket som at Frederik 6. har gitt sin uoffisielle støtte til Christian Frederiks handlemåte. Ved å la nordmennene kjempe for sin selvstendighet under Christian Frederiks ledelse, kunne kongen håpe på at Norge en gang i fremtiden igjen ville bli forent med Danmark under enoldenburgerkonge.