Madagaskars særpregede dyreliv har vesentlig afrikansk opprinnelse, men har utviklet seg i isolasjon gjennom 30–60 millioner år og har frembrakt en rekke stedegne ellerendemiskefamilier. Disse omfatter blantpattedyrenebørstepinnsvin eller tenreker, som er primitiveinsektetere, og trehalvapefamilier:makier og lemurer,indrier ogfingerdyr.Flaggermus, en liten gruppegnagere ogsnikekatter, de enesterovpattedyrene, utgjør resten av de opprinnelige pattedyrene.Penselsvin,rotter og enspissmus er nyere innvandrere.

Fem fuglefamilier;mesitter,kuroler,markråker,vangaer ogasitier, som utgjør mer enn 100 av de 172fugleartene som hekker på Madagaskar, er endemiske. Ytterligere 120 arter er registrert påtrekk eller som tilfeldige gjester. Verdens tyngste fugl,madagaskarstrutsen, døde ut i historisk tid.

Blantreptilene finnesnilkrokodille,skilpadder, 50gekkoarter, halvparten avkameleonfamiliens 85 arter og to slekter av en familie,iguaner, som ellers bare forekommer iSør-Amerika og påFiji. Det forekommer 23 slangearter, blant annet boaer (sekvelerslanger) ogsnoker, men ingen er giftige. Det opprinnelige dyrelivet forsvinner i takt med nedhuggingen avregnskogen, og mange arter erutrydningstruede.