Oligonukleotid er et kort fragment av enkelttrådetDNA ellerRNA. Et oligonukleotid er vanligvis bygd opp av 5–50 enkelt-nukleotider i en definert sekvens (baserekkefølge).

Oligonukleotidene kan fremstilles syntetisk med den ønskede sekvensen, og kan benyttes somDNA-prober (gensøkere) for å påvise spesiellegensekvenser, eller som verktøy (primere) igenteknologien for fremstilling og analyse av DNA (sepolymerasekjedereaksjon).