Vanuatu so najprej naseliliMelanezijci. Prvi Evropejci, ki so obiskali otoke, so bili člani španske odprave, ki jo je vodil portugalski morjeplovec Pedro Fernandes de Queirós, v Espiritu Santo so prispeli leta 1605. Otočje je proglasil za špansko last in ga imenoval Espiritu Santo ali Sveti Duh. Leta 1880 sta si Francija in Združeno kraljestvo prisvojila del dežele, leta 1906 pa so se dogovorili o skupnem upravljanju ozemlja pod imenom Novi Hebridi kot britansko-francoski kondominij. Gibanje za neodvisnost se je začelo leta 1970, Republika Vanuatu pa je bila ustanovljena leta 1980.
Domače ime je izpeljano iz besede vanua (»zemlja«ali »dom«), ki se pojavlja v več avstronezijskih jezikih, in besede tu (»stati«). Obe besedi skupaj naznanjata neodvisnost novega naroda.