Med boji za neodvisnost Indonezije se je v novoustanovljeni vojski povzpel do činageneralmajorja. 30. septembra 1965 so njegove sile preprečile poskusdržavnega udara, za katerega so okrivili Komunistično partijo Indonezije. Vojska je zato začela s pogromom proti komunistom, v katerem je bilo po nekaterih ocenah ubitih pol milijona ljudi. Suharto je medtem izsilil oblast od prvega predsednikaSukarna; leta 1967 je postal vršilec dolžnosti predsednika države, naslednje leto pa je po Sukarnovem odstopu uradno prevzel to funkcijo.
Vzpostavil je močno, centralizirano vlado pod nadzorom vojske, pod katero je indonezijsko gospodarstvo hitro napredovalo. Zaradi svoje protikomunistične usmerjenosti je imel medhladno vojno tudi močno diplomatsko podporoZahoda. Vendar pa se je v1990. letih zaradiskorumpiranega državnega aparata inavtoritarnosti pričelo širiti nezadovoljstvo nad njim. Dokončno je izgubil podporo med azijsko finančno krizo v letih 1997 in 1998 ter bil zaradi množičnih demonstracij prisiljen odstopiti maja 1998.
V letih, ki so sledila, so mu poskušali soditi zaradi obtožb o korupciji ingenocidu med indonezijsko okupacijoVzhodnega Timorja, a se je sojenju izognil zaradi šibkega zdravja.
