Spinoza je sprejel Descartesovo stališče, da pri znanstvenih spoznanjih lahko izhajamo le iz nedvomnih premis in jih razvijamo z logičnim sklepanjem. Hkrati pa je uvidel, da so nekateri problemi ostali nerešeni, kot npr. kako lahko duh giblje snov po prostoru, če je vsa realnost sestavljena iz dveh popolnoma različnih substanc, tj. materialne in mentalne oz. snovi in duha. Drugi večji problem je bil povezan s svobodno voljo: kako je slednja mogoča, če vse določa znanost oz. če je vse, kar se zgodi, mogoče z logično nujnostjo izpeljati iz očitnih premis, in predvsem kakšno mesto zavzema Bog v takšnem sistemu? Če je vse dogajanje mogoče pojasniti z znanstvenimi zakoni in matematičnimi enačbami, potemtakem Bog ne obstaja. V zvezi s tem je prihajalo do velikih polemik;Isaac Newton npr. je razlagal, da je vesolje božja stvaritev, a ga je Bog prepustil samostojnemu delovanju v skladu z določenimi (naravnimi) zakoni.
Spinoza se je problema lotil z zanikanjem Descartesovega dualizma (tj. temeljna delitev na snov in duha). Bog je neskončen, kar pomeni, da ne more imeti meja, in zato ne more obstajati nič, kar ni Bog. Z drugimi besedami, Bog je koekstenziven z vsem, kar obstaja. Poleg tega je Bog celota vsega in ne potrebuje za svoj obstoj ničesar zunaj sebe. S tem je torej redefiniral Descartesovo definicijo substance, ki za svoj obstoj ne potrebuje ničesar zunaj sebe. Izhajajoč iz koekstenzivnosti Boga z vsem sta religiozno opisovanje vesolja in po drugi strani predstavljanje vesolja z različnimi objekti (npr. s planeti) različna načina opisovanja iste resničnosti oz. na isto bivajočo entiteto gledamo z dveh različnih vidikov. Tako je ena vrsta kategorij abstraktna ali duhovna (religioznost), druga pa materialna.
V svojem deluTeološko-politična razprava (latinskoTractatus Theologico-Philosophicus) Spinoza zagovarja svobodo izražanja. Ne samo, da svoboda govora ni združljiva z javnim redom, pač pa ga tudi zagotavlja. To stališče je postalo delliberalističnega pogleda na svet. Dejal je tudi, da v racionalno urejeni družbi »vsak človek lahko misli, kar hoče«, in dodal bistveno, da »v svobodni državi kršijo mir prav tisti, ki poskušajo ovirati svobodo govora, ki ji ne morejo gospodovati«.
Poleg tega, da je bil filozof, je bil tudi prvi pomembni učenjak, ki jeSveto pismo preučeval kotzgodovinskidokument. S tem je vpeljal t. i.filološko-zgodovinsko kritiko, ki se je uveljavila pozneje, v19. in20. stoletju.