Pepys je bil sinkrojača. Študiral je na Šoli svetega Pavla v Londonu in naMagdalenskemkolidžu vCambridgeu. Leta 1655 se je poročil in začel delati za svojega bratrancaadmiralaEdwarda Montaguja, drugega Manchestrskegagrofa. 1. januarja 1660 je začel pisatidnevnik, ki je njegovo glavno delo. Istega leta je postal uradnikAdmiralitete. Na tem položaju je ostal pet let, v teku katerih je napredoval do najvišjih stopenj tedanje družbe.
Maja 1669 je zaradi slabega vida prenehal s pisanjem, kar ga pa ni odvrnilo odpolitične dejavnosti. Leta 1673 je bil imenovan za tajnika admiralitete in izvoljen vparlament kot predstavnik okrožjaNorfolk. Leta 1676 je bil izvoljen zamasterja vTrinity House. Leta 1679 je bil izvoljen v parlament kot predstavnik okrožjaHarwich, a je zaradi političnih nasprotovanj odstopil s položaja pri Admiraliteti. Bil je celo obtožen izdajstva invohunjenja v koristFrancije in za dva meseca zaprt vtowerju. Čeprav se je izkazal za nedolžnega, je naslednja leta deloval predvsem v tujini. Šele leta 1684 je spet prišel na položaj kraljevega tajnika za pomorske zadeve in nato parlamentarca. Ko je bil leta 1688 odstavljen kraljJakob II. Angleški, je bilo konec tudi kariere njegovega zvestega sodelavca Pepysa, ki je bil naslednjega leta poražen navolitvah in je odstopil. Po nekaj mesecih je bil v kratkem presledku dvakrat zaprt kot pristaš bivšega kralja, a ni bilo dokazov v tem smislu. Po teh dogodkih se je Pepys odpovedal vsakemu javnemu delovanju. Leta 1701 se je umaknil iz Londona na podeželje, vClapham, kjer je po dveh letih umrl.
Pepys se po ženini smrti leta 1669 ni več poročil in ni imel otrok.
Poleg svoje državne službe se je Pepys zelo zanimal zaglasbo,gledališče inznanost. Leta 1665 so ga izbrali za članaKraljeve družbe in med letoma 1684 in 1686 je bil njen sedmipredsednik. Pepys ni imel otrok. Njegov sodobnik pisateljJohn Evelyn se ga je spominjal kot »splošno ljubljenega, gostoljubnega, plemenitega, učenega v mnogih stvareh«. Njegova osebnost je razvidna iz njegovega osebnegamotamens cujusque is est quisque, kar lahko prevedemo kotRazum je bistvo človeka.
Glavno Pepysovo delo jednevnik, ki ga je pisal od 1. januarja 1660 do maja 1669. Vsebuje opis najrazličnejših privatnih doživljajev in je zato prava slika Londonskega življenja v tistem obdobju. Najbolj zanimivi so opisi političnega vzdušja v času povratkamonarhije poCromwellovi republiki, razsajanjakuge leta 1665, velikega Londonskega požara leta 1666, kakor tudi natančno poročilo raznih dogodkov meddrugo angleško-nizozemsko vojno (1665-1667).
Čeprav je Pepys pisal dnevnik samo za lastno veselje in ga ni nameraval objaviti, je verjetno v določenem trenutku uvidel, da bi njegovi zapiski utegnili zanimati širšo javnost. Zato je vse skupaj prepisal "na čisto" in posamezne liste dal vezati v šest knjig. Te je potem dodal v svojo obsežnoknjižnico in jih katalogiziral kot ostale volumne. Kot je bila takrat navada, je bil dnevnik spisan vstenografiji, zato so ga večkrat prepisali v besedilo in nato dali v tisk. Razne izdaje so se med seboj precej razlikovale prav zaradi različnih interpretacij stenografskih znakov. Dokončna izdaja, ki je slonela na preučitvi vseh prejšnjih del, je izšla v letih 1893 do 1899 in je bila izpopolnjena zindeksi leta 1926. Zadnjič so bili dnevniki v celoti natisnjeni od leta 1970 do leta 1983, v enajstih knjigah.
Knjižnica se nahaja v prvem nadstropjuPepysove palače v Magdalenskem kolidžu v Kembridžu
Originali Pepysovih dnevnikov so ohranjeni v njegovi zbirki knjig, ki je danes vključena v knjižnico Magdalenskega kolidža v Kembridžu. Pepys je bil namreč vse življenje velik ljubitelj in zbiralec knjig. Zapustil je preko 3000 del, med katerimi večrokopisov ininkunabul, kar predstavlja največjo ohranjeno knjižnico17. stoletja. Gradivo je shranjeno v originalnih knjižnih policah in vsebuje tudi komplicirana Pepysova navodila za pravilno ravnanje sknjigami in za njihovo pravilno razvrstitev, na primer nasvet, »naj se natančno postavijo v red po višini in ob potrebi naj se ta red čedno popravi«.