Foucault je svoje zgodnje delo posvetil historičnim raziskavam obravnave norcev in norosti (Zgodovina norosti), nastanka klinične medicine in medicinskih institucij (Rojstvo klinike) ter zgodovini znanosti (Besede in stvari). V naslednjem delu (Arheologija vednosti, 1969) najdemo nekakšno retrospektivo teh treh knjig in bolj formalno, hkrati pa tudi bolj celovito obravnavo diskurza kot historičnim pogojem podvržene prakse. Obenem izpostavi specifike svoje teoretske pozicije, ki ga že v izhodišču izključujejo iz strukturalističnega raziskovalnega programa (gre zlasti za njegove analize izjav in njihovih pogojev).
Poleg raziskovalnega dela je bil Foucault tudi prepoznaven aktivist v gejevskih gibanjih in gibanjih za izboljšanje razmer v kazenskih institucijah (vzaporih). Tako kmalu zatem, leta 1975, izideta dve njegovi svetovno odmevni knjigi, kjer Foucault razvija svoje najbolj prepoznavne teorije: Nadzorovanje in kaznovanje ter Volja do vednosti. Gre za teorije, ki skušajo osvetliti razmerje med diskurzivnimi (znanost, hišni redi, uredbe, pravilniki) in nediskurzivnimi praksami (kaznovanje, vzgoja, organizacija administrativnega aparata in vzpostavljanje buržoazne države, moralizacija množic, pastorala). Iz tega obdobja izvirajo tudi Foucaultove kontroverzne teze o (politični) moči in politični racionalnosti. V zadnjem obdobju se je veliko ukvarjal zetiko, s pojmomsubjekta in subjektivitete, zlasti v navezavi na zgodovino seksualnosti.
Njegove splošne teorije o družbeni (politični) moči in razmerju med védenjem in močjo, kot tudi njegovo razmišljanje odiskurzu v povezavi z zgodovino zahodne misli so v humanistiki in družboslovju našle široko uporabnost in sprožile mnoge pomembne razprave.
Tekom svojega celotnega življenja se je Foucault izdatno posvečal tudi literaturi (zlasti Raymondu Roussellu, Novemu romanu), slikarstvu (Magrittu,Velázquezu) in zgodovini znanosti (prirodopisu inbiologiji,lingvistiki inekonomiji).
V svoji filozofiji se je veliko naslanjal naNietzschejevo misel. Velik pomen je dajal tudiFreudu inMarxu, četudi se ni štel za psihoanalitika ali marksista.[9]
Čeravno ga mnogi uvrščajo medpostmoderniste, je takšna klasifikacija zgoljdelno veljavna. Pomemben prikaz Foucaultove filozofije je podal njegov kolega in prijateljGilles Deleuze v deluFoucault.[10] V njem Deleuze poudari neosrediščeno in razpršeno pojmovanje oblasti, značilno za Foucaultovo delo, ter distinkcijo med vidnim in diskurzivnim. Kljub njegovemu večkrat izraženemu nasprotovanju se Foucaulta skupaj s psihoanalitikomJacquesom Lacanom, antropologomLevi-Straussom in filozofomLouisom Althusserjem uvršča vstrukturalizem.
Foucaultova dela so transdisciplinarna. Njegov življenjski projekt je »zgodovinsko preiskovanje produkcije resnice«. Ta poskus ni niti filozofski niti zgodovinski v tradicionalnem smislu. Zgodovine (resnice) ne jemlje kot postopnega napredovanja k današnjemu stanju razumevanja, niti ne zagovarja razumevanja idej zgolj iz imanentnih standardov časa, ki mu pripada, temveč išče način, kako razumeti koncepte, ki še vedno oblikujejo današnji čas tako, da skuša izslediti spremembe v njihovem funkcioniranju skozi različna časovna obdobja.»Arheološka metoda« (»arheologija medicinskega pogleda«, »arheologija humanističnih znanosti«, »arheologija vednosti«) skuša izkopati tista pravila, ki vladajo onkraj pravil gramatike in logike in delujejo pod tem, kar se (znanstveni) subjekt zaveda – pojmovni okvir, ki določa mišljenje posameznika v določeni domeni in določenem časovnem obdobju, a hkrati uhaja razmisleku. Da bi pogoji razmišljanja postali vidni se loti intelektualnega »izkopavanja« radikalno različnih »diskurzivnih formacij«, ki vladajo govorjenju in mišljenju v različnih obdobjih, na primeru obravnavanja norosti. Medtem ko zgodovina norosti sama po sebi ne obstaja, pa je mogoča arheologija norosti kot socialnega konstrukta. Ta je različen od mentalne bolezni in se spreminja skozi čas, drugače rečeno, če norost ni, je pa odnos do norosti »zgodovinski«, še več, je »resnica« razumnosti. Kot na primer zapiranje norcev v norišnice omogoča uresničitev razsvetljenskega programa zdrave družbe. V dobi razuma in njeni moderni klinični medicini postane norost bolezen. Tako je norost nekaj, kar doba razuma ustvari z izključitvijo; izključitev nerazuma in fizična izključitev norcev je temna stran, neločljiva od razuma samega.
Arheologija je vzeta kot primerna metoda, ker razkriva strukture, ki niso zavestne, ampak izstopijo šele, ko primerjamo različna obdobja. Toda arheologija ne pove vzroka, zakaj pride do spremembe enega načina mišljenja v drugega. Zato Foucault uporabi Nietzschejev pojem genealogije. V Nadzorovanju in kaznovanju ugotavlja, kako sprememba: kaznovati manj (brutalno), a kaznovati bolje, bolj dosledno, kontrolirati, nadzorovati določi ustroj moderne družbe v celoti. Ne le zapor, tudi bolnica, šola, tovarna je urejena po modelu modernega zapora. Pri tem ne gre za kakšno centralno oblast in oblastnika, ki to počne. Institucije same tvorijo moderni sistem disciplinirajoče moči. Moderna disciplinirana družba nastane skozi tri glavne tehnike kontrole: opazovanje, normaliziranje in preverjanje. Že z opazovanjem je mogoče doseči kontrolo ljudi in tako vzpostaviti moč nad njimi. Splošno sprejete norme se tako rekoč same normalizirajo v šoli, medicinski praksi, tovarniški proizvodnji. Spraševanje, ki so mu podvrženi tako šolarji kot pacienti pa poveže vedenje in moč.
Geslo »znanje je moč« Foucaultu pomeni, da je znanje-vednost instrument moči. Čeprav znanost in politika obstajata neodvisno, »z znanjem kontroliramo in s kontroliranjem znamo«. Preverjanje in dokumentiranje rezultatov vrši kontrolo in hkrati vzpostavlja, oblikuje norme, povprečja, torej omogoča discipliniranje posameznikov. Volja do vednosti (Zgodovina seksualnosti, Uvod) pa pokaže, kako so različne moderne znanosti o seksualnosti (tudi psihoanaliza) povezane s strukturami moči moderne družbe. Moderna kontrola seksualnosti je paralelna moderni kontroli kriminalnosti; seks je tako kot kriminal predmet znanstvenih disciplin, ki ponujajo znanje in obvladovanje, dominacijo nad svojimi predmeti proučevanja. Posameznik se »disciplinira« tako, da ponotranji norme, ki jih postavi znanost.
Te genealoške raziskave, kako se vzpostavljajo strukture moči-vednosti ga pripeljejo v zadnjem obdobju do pojma »biopolitike«, sodobne oblasti in načina vladanja kot regulacije populacij. Foucault tako vladanje označi kot »governmentalnost« (besedna igra, ki povezuje in poudarja povezanost »vladanja« ter »mentalitete«), v prevodu »vladljivost«. Tu se osredotoči prav na genealogijo »obvladovanja« (»varnost, teritorij, populacija«, »rojstvo biopolitike«), ki je specifična za sodobne države. Sodobna oblast je nekaj, kar proizvaja učinke, kljub temu, da te oblasti »ni«. Neobstoj oblasti, neeksistenca ne pomeni, da enostavno nič ni, čeprav ne eksistira – insistira, vztrajno deluje. Oblast je sekundarna in za svoje delovanje potrebuje že obstoječa razmerja moči.[11] Oblast deluje brez »velikega Drugega«, ki bi za zaveso vlekel poteze in odločitve. Anonimne strukture zatiranja pa ne proizvedejo le zatiranih, podložnikov, torej subjektov, temveč tudi upornike; tako sistem sproducira hkrati tudi subverzijo samega sebe.
Ta »foucaultovska situacija« je povezana z razumevanjemSubjekta novoveške znanosti kot fikcije. Nadomesti ga »subjekt« kot učinek procesov »subjektivacije«, ki ne vznikne iz samozavedanja, ampak iz »podvrženosti«. V nasprotju skartezjanskim subjektom (samo)gotovosti ni več celota, ampak je razcepljen, gnetljiv, spremenljiv, neenak sam s sabo v mreži odnosov, v katerih je posameznik ujet in (se) tako zapleten formira, konformira, transformira. Tako postavljen subjekt ni več temelj racionalnega spoznanja kot pri Descartesu, a tudi ne rezultat ideologije, vladajočega diskurza kot v poststrukturalizmu.