Bila je tudi kraljica žena Norveške (1363–1380) in Švedske (1363–1364) in zatem kraljica.
Margareta je bila znana kot modra, energična In sposobna vladarica, ki je vladala z »daljnovidno taktnostjo in previdnostjo«[6] in zato dobila vzdevek»Semiramida severa«.[7] Porogljivo so jo klicali »kralj brez hlač«, kar je bil samo eden izmed številnih slabšalnih vzdevkov, ki si jih je izmislil njen tekmec, švedski kraljAlbert Mecklenburški.[8][9] Njeni podložniki pa so jo naslavljali tudi z »gospa kralj«kot priznanje njenim sposobnostim.[10][11][12][13] Norveško-ameriški zgodovinar Knut Gjerset jo je imenoval »prva velika vladajoča kraljica v evropski zgodovini«.[14]
Z možem, norveškim kraljem Haakonom VI., je imela sina, kasnejšega danskega kraljaOlafa II.,[15] ki je umrl pred njo. Nasledil jo je njen pranečakErik Pomorjanski, čeprav je postal polnoleten šele leta 1401. Margareta je preostalih 11 let svojega življenja kot njegova regentka ostala izključna vladarica, četudi uradno ni bila kraljica. Njeno regentstvo je zaznamovalo začetek dansko-norveške unije, ki je trajala več kot štiri stoletja.[16]
Nekateri norveški in švedski zgodovinarji so Margareto kritizirali, ker je bila preveč naklonjena Danski in preveč avtokratska, čeprav se na splošno menili, da je bila zelo cenjena na Norveškem in spoštovana na Danskem in Švedskem. V sodobnih cerkvenih kronikah so jo slikali v negativni luči, saj je brez pomislekov zatirala Cerkev, da bi promovirala kraljevo oblast.[17][18][19][20][21][22]
Margareta je na Danskem znana kot Margareta I., da bi jo razlikovali od aktualne kraljiceMargarete[23]
Margareto so pri desetih letih poročili z norveškim kraljemHaakonom VI.
Po smrtiValdemarja IV. Danskega leta 1375 je Margareta dosegla, da je bil njen sin Olaf IV. izbran za kralja Danske. Leta 1380 je Olaf IV. nasledil tudi norveški prestol s pravicami do švedskega prestola. Danski in Norveški e kot njegova regentka vladala Margareta.
Olaf IV. je umrl mlad leta 1387.
Margareta je pokazala svojo državniško modrost z vrnitvijo Schleswiga pod dansko krono. Pred tem je bil Schleswig v posesti grofov Holsteinov. Leta 1386 jim je Margareta vrnila Schleswig, vendar pod zelo težkimi pogoji: grofje po tem sporazumu niso več smeli dajati zatočišča uporniškim plemičem iz Jilanda. Margareta je zatem osredotočila svoje dejavnosti na Švedsko, kjer se je plemstvo uprlo nepriljubljenemu kraljuAlbertu Mecklenburškemu.[24][25]
Marca 1388 je bila na gradu Dalaborg konferenca, na kateri so Švedi sprejeli Margaretine zahteve in jo izvolili za vladarico ter se strinjali, da bodo sprejeli katerega koli kralja, ki ga bo izbrala. Albert Mecklenburški je Švedsko napadel z vojsko najemnikov, vendar je bil 24. februarja 1389 poražen in ujet. Margareta je tako postala vladarica treh kraljestev.
Stockholm je bil takrat skoraj povsem nemško mesto in se ni vdal. Po Lindholmskem sporazumu iz leta 1395 je bila Margareta dolžna osvoboditi Alberta Mecklenburškega pod pogojem, da v treh letih plača 60.000 mark odkupnine.
Hanzeatska liga je v tem času obdržala Stockholm. Ker Albert ni pravočasno plačal odkupnine, je Hansa Stockholm predala Margareti in v zameno prejela številne trgovske privilegije.
Leta 1389 je svojega pranečaka Erika Pomorjanskega razglasila za norveškega kralja. Slovesen poklon bodočemu vladarju je bil leta 1396 na Danskem in Švedskem. Margareta je do Erikove polnoletnost obdržala status regentke. Da bi še bolj združila svoja kraljestva, je leta 1397 sklicala tri kalmarske koncile in svoja tri kraljestva združila vKalmarsko unijo. Erik Pomorjanski je bil slovesno razglašen za kralja Švedske, Norveške in Danske.
Proces združitve ni bil potekal tako, kot je Margareta pričakovala. Skupščine vseh treh kraljestev so namreč zahtevale, da vsaka država obdrži izključno pravico do svojih ozemelj, lastnih zakonov in običajev ter da jo vodijo njeni uradniki. Popolna združitev Skandinavije v eno državo ni uspela.[26]
Nekaj let po proglasitvi Kalmarske unije je Erik postal polnoleten, prava vladarica Skandinavije pa je kljub temu do svoje smrti ostala Margareta.
Ker je bila Kalmarska unija težavna zveza, je Margareta Danska dopuščala prisotnost uradnikov iz vseh treh kraljestev. Norveška in Švedska sta se obravnavali kot sestavni del danske države.
Sarkofag Margarete Danske v Roskildski stolnici v Københavnu
Margareta je pod okrilje danske krone vrnila več stofevdov, odtujenih med vladanjem Valdemarja IV. Reformirala je dansko valuto in zamenjala srebrn denar z bakrenim, s čimer je zbrala ogromno količino srebra za kraljevo zakladnico. Velik del denarja je porabila za reveže.
Od Alberta Meklennburškega inLivonskega reda je odkupila otokGotland. Na enak način pridobila velik del Schleswiga. Izogibala se je vstopanjem v politične zveze in vodila večinoma nevtralno politiko.[27]
Umrla je 28. oktobra 1412. Njensarkofag je v Roskildski stolnici vKøbenhavnu. Svoje osebno premoženje je zapustila stolnici pod pogojem, da se zanjo stalno berejo maše. V stolnici se še vedno dvakrat na dan oglasi zvon za kraljico Margareto Dansko.