Dee je deloval na področjuznanosti inčarodejstva. Bil je eden od najbolj izobraženih ljudi svojega časa. Že zelo mlad je predaval pred polnimi množicami naUniverzi vParizu. Strastno je razširjalmatematiko, bil je priznan astronom in vodilni strokovnjak vnavigaciji, kjer je učil mnoge, ki so vodili angleške raziskovalne odprave. Istočasno se je posvečalkrščanskemuangelskemu čarodejstvu in hermetičnifilozofiji. Zadnjo tretjino svojega življenja je posvetil izključno tem iskanjem. Zanj, kakor tudi za mnoge njegove sodobnike, si te dejavnosti niso nasprotovale in so bile skladni svetovnonazorski pogled.
Leta1554 so mu ponudili stolico za matematiko vOxfordu, vendar je zavrnil, ker ni bil zadovoljen z izrazitim obravnavanjem študijaretorike inslovnice na angleških univerzah v škodo filozofije in znanosti. Retorika in slovnica sta skupaj zlogiko tvoriliakademskitrivium, prve tri svobodne umetnosti; na višji stopnji,kvadriviju pa so poučevali šearitmetiko,geometrijo,glasbo inastronomijo.
Leta1555 so ga prijeli in obsodili, ker je izračunavalhoroskope za kraljicoMarijo in princesoElizabeto. Obsodbo so razširili naizdajstvo proti Mariji. Sodili so mu v Zvezdni zbornici (Star Chamber) in ga oprostili. Niso pa ga osvobodili, temveč so ga predali nazadnjaškemu katoliškemuškofuEdmundu Bonnerju naverski pregled. Spet se je Dee opral vseh obtožb. Kmalu je celo postal Bonnerjev zaupni družabnik. Celotni doživljaj je bil najbolj dramatičen v celem nizu napadov in obrekovanj, ki so mu bili za petami skozi življenje. Njegovo močno in dolgotrajno nagnjenje k molčečnosti je le poslabšalo stvari.
Dee je leta1556 predstavil kraljici Mariji sanjski načrt za ohranitev starih knjig, rokopisov in zapisov. Predlagal je tudi ustanovitev narodne knjižnice. Njegovega predloga niso sprejeli. Namesto tega je zgradil lastno knjižnico v svoji hiši v Mortlakeu in neutrudno zbiral knjige in rokopise v Angliji in na celini. Njegova knjižnica je postala največja v Angliji. Privlačevala je učenjake in postala središče učenosti zunaj univerz.
Leta1558 je prestol prevzela Elizabeta in Dee je postal njen tesni svetovalec na področju astroloških in znanstvenih zadev. Sam je tudi izbraldatum njenega kronanja in slovesnosti. V tem času je pomagal angleškim raziskovalnim odpravam. Priskrbel je tehnično pomoč v navigaciji in ideološko oporo za tvorboBritanskega imperija. Tudi izraz »Britanski imperij« je Dee prvi uporabil. Leta1577 je objavil deloSplošni in redki izpiski, ki se nanašajo na popolno umetnost navigacije (General and Rare Memorials pertayning to the Perfect Arte of Navigation). V delu je izrazil svoj pogled na pomorski imperij in branil angleške ozemeljske zahteve vNovem svetu. Spoznal se je ssiromHumphreyem Gilbertom, ter s pesnikom in vojakom siromPhilipom Sidneyem in njegovim krogom.
Deejevglif, ki ga je pojasnil v deluMonas Hieroglyphica
Leta1564 je napisalokultnohermetično deloMonas Hieroglyphica (Hieroglifska monada), obširnokabalistično razlago lastnegaglifa, ki naj bi predstavljal okultno enotnost vsega stvarjenja. Njegovi sodobniki so to delo zelo hvalili, vendar je za današnje razmere zelo težko razumljivo.
Leta1570 je objavil »Matematični predgovor« angleškega prevoda Henryja Billingsleyja EvklidovihElementov. Tu je govoril o pomembnosti matematike in poudaril način kako se matematika dotika drugih umetnosti in znanosti. Predgovor je bil mišljen za poslušalstvo zunaj univerz in je tudi postal njegovo najvplivnejše delo. Velikokrat so ga ponatisnili.
Dee je postal nezadovoljen z napredkom pri raziskovanju skrivnostinarave in s svojim lastnim pomanjkanjem vpliva in priznanja. Da bi pridobil znanje, se je začel nagibati v smerinadnaravnega. Še posebej je poskušal priti v stik z angeli s pomočjo uporabe kristalnega prerokovalca, oziroma skristalno kroglo, ki naj bi služila kot posrednik med njim in angeli.
Njegovi prvi poskusi niso bili zadovoljivi, leta1582 pa je srečalEdwarda Kelleyja, duhovnega medija, ki ga je navdušil s svojimi sposobnostmi. Zaposlil ga je in je usmeril vso svojo energijo k tem nadstvarnim prizadevanjem. Dee je verjel, da bodo ti »duhovni sestanki« pomagali človeštvu. Angeli so Deeju na ta način narekovali več knjig, nekaj v posebnem angelskem, oziromaenohijskemjeziku.
Leta1583 je srečalpoljskegaplemičaAlberta Łaskija, ki ga je povabil naj z njim obiščePoljsko. Dee se je s pomočjo angelov odločil, da deželo obišče. Dee, Kelley in njuni družini sta na evropsko celino odšli septembra 1583. Łaski je bil brez denarja. Dee in Kelley sta vSrednji Evropi živela kot nomada in nadaljevala svoje duhovne sestanke, ki jih je Dee vestno zapisoval. Sestankom sta prisostvovala tudi cesarRodolf II. Habsburški in poljski kraljŠtefan II. Tu ju je Dee grajal zaradi njune brezbožnosti in ju poskušal prepričati v pomembnost svojega sporazumevanja z angeli. Na monarha ni naredil posebnega vtisa.
Med duhovnim sestankom naČeškem leta1587 je Kelley povedal Deeju, da je angelUriel odredil naj si izmenjata ženi. Na Deeja je odredba sicer delovala tesnobno, vendar ni dvomil v njeno resničnost in na videz dovolil, da se to izvede. Takoj je končal s sestankom in nikoli ni več videl Kelleyja. Leta1589 se je vrnil v Anglijo.
Po šestih letih se je vrnil v Mortlake. Njegova knjižnica je bila v slabem stanju. Ukradli so tudi veliko knjig in instrumentov. Zaprosil je za pomoč pri Elizabeti, ki ga je leta1592 končno imenovala za čuvaja Kolidža Christ's vManchestru. Sedaj so ga večinoma poznali kot zlobnega čarovnika in tako ni mogel uveljaviti svojega vpliva nad člani, ki so ga prezirali. Leta1605 je zapustil Manchester. Kraljica je medtem umrla, novega kraljaJakoba I. pa nadnaravnost ni zanimala in ni dal nobene pomoči. Dee je svoja zadnja leta preživel v revščini v Mortlakeu, kjer je tudi umrl. Na žalost se ne ve kje je njegov nagrobni spomenik.