Franz Ferdinand je bil najstarejši sin avstrijskega nadvojvodeKarla Ludwiga, mlajšega brata avstrijskega cesarjaFranca Jožefa I. Po smrti prestolonaslednika Rudolfa leta 1889 in smrti Karla Ludwiga leta 1896 je Franz Ferdinand postal dedič avstro-ogrskega prestola. Njegovo dvorjenje s Sophie Chotek, čakajočo damo, je povzročilo konflikt v cesarskem gospodinjstvu, njun morganatični zakon leta 1900 pa je bil dovoljen šele potem, ko se je odrekel pravici svojih potomcev do prestola. Franz Ferdinand je imel pomemben vpliv na vojsko in je bil leta 1913 imenovan za generalnega inšpektorja avstro-ogrskih oboroženih sil.
28. junija 1914 je Ferdinanda in njegovo ženo Sofijo med obiskom v Sarajevu umoril 19-letniGavrilo Princip, članMlade Bosne. Atentat na Franza Ferdinanda je privedel do julijske krize in pospešil napovedAvstro-Ogrske vojni protiSrbiji, kar pa je sprožilo vrsto dogodkov, ki so sčasoma privedli do tega, da so zavezniki Avstro-Ogrske in srbski zavezniki napovedali vojno drug drugemu ter posledično začetekprve svetovne vojne.
Bil je pripadnikhabsburške dinastije. Njegov očeKarl Ludvik je bil brat cesarjaFranca Jožefa. Njegov bratranec Rudolf Habsburški, edini sin Franca Jožefa in zatoprestolonaslednik, si je 30. januarja 1889 v lovski kočiMayerling vzel življenje. S tem je pravica do nasledstva prestola pripadla cesarjevemu bratu Karlu Ludviku. Ko je ta 1896 umrl, je naslednik avstrijskega prestola postal Franc Ferdinand.
Predmorganatsko poroko z žensko iz zanj prenizkega stanu,češkogroficoSofijo Chotek (po poroki vojvodinjo Hohenburško), se je strinjal, da s tem njegovi bodoči otroci izgubijo pravico doprestola. Cesar Franc Jožef in večina rodbine se poroke niso udeležili.
Ni se strinjal z mnogimi političnimi smernicami tedanje Avstro-Ogrske. Zavzemal se je za splošno moško volilno pravico, ki bi pomenila konecmadžarske prevlade vogrskem delu monarhije. Njegove ideje o ustanovitvi tretjega,slovanskega kraljestva, ki bi vključevaloBosno in Hercegovino kot branik pred tistim, kar je notranje ministrstvo imelo zasrbskiiredentizem, so zbujale nestrinjanje pri zagovornikih in podpornikih tedanje ureditvedualizma - dvojne monarhije (Avstrije in Ogrske).
Čeprav so mnogi šteli Franca Ferdinanda za voditelja »vojne stranke«znotraj Avstro-Ogrske, to ni bilo res. V resnici je bil nadvojvoda eden vodilnih zagovornikov miru v avstro-ogrski vladi medkrizo v Bosni (1908-1909) inbalkanskimi vojnami (1912-1913).
Ko je Franc Ferdinand konec junija 1914 nameraval obiskati manevre avstro-ogrskih vojaških enot, nastanjenih v Bosni in Hercegovini, se je tajna srbska organizacijaČrna roka odločila nanj izvesti atentat. Črna roka je za to priložnost izurila skupino mladeničev iz Bosne, ki so bili člani druge organizacije z imenomMlada Bosna in ki so potematentat v Sarajevu tudi uspešno izvedli. Atentat se je zgodil naVidov dan, 28. junija 1914. Prestolonaslednika je skupaj z ženo Sofijo ustrelilGavrilo Princip. Ta umor je bil povod zaprvo svetovno vojno. Dokazov, ki bi podprli domneve o tem, da je bil njegov slabo varovan obisk v Sarajevu načrtovan s strani nekaterih pripadnikov avstro-ogrskih uradnih krogov, da bi nadvojvodo izpostavili nevarnosti atentata, ki bi preprečil morebitne zaplete, ki jih bi Franc Ferdinand lahko povzročil, niso našli.
Kroglo, ki jo je Princip izstrelil v nadvojvodovo telo, včasih imenovano kar »krogla, ki je začela prvo svetovno vojno«, hranijo v muzeju na graduKonopiště, nadvojvodovemu bivališču za časa življenja. Grad leži blizu krajaBenešov naČeškem.
Po njegovi smrti je postal prestolonaslednikKarel, sin njegovega mlajšega brata,Otta Franca Jožefa, ki je zaradi bolezni umrl leta 1906, star komaj 41 let. Leta 1916, po smrti cesarja Franca Jožefa, je sredi prve svetovne vojne postal zadnji avstrijski cesar, dokler ni moral leta 1918 odstopiti.
