Fluor se največ uporablja vjedrski industriji, saj z njegovo pomočjo ločitauranovaizotopa U(235)in U(238).
Zaradi visoke cene rafiniranja v čisti fluor se v večini komercialnih aplikacij uporabljajo fluorove spojine, pri čemer se približno polovica pridobljenega fluorita uporablja v jeklarstvu. Preostali del fluorita se pretvori v jedki vodikov fluorid na poti do različnih organskih fluoridov ali v kriolit, ki ima ključno vlogo pri prečiščevanju aluminija. Molekule, ki vsebujejo vez ogljik-fluor, imajo pogosto zelo visoko kemijsko in toplotno stabilnost; njihova glavna uporaba so hladilna sredstva, električna izolacija in posoda, zadnja kot PTFE (teflon). Farmacevtski izdelki, kot sta atorvastatin in fluoksetin, vsebujejo vezi C-F. Fluoridni ion iz raztopljenih fluoridnih soli zavira nastanek zobne gnilobe (kariesa) in se zato uporablja v zobni pasti in fluoriranju vode. Globalna fluorokemična prodaja znaša več kot 15 milijard ameriških dolarjev letno.
Fluoroogljikovi plini so na splošnotoplogredni plini s potencialom globalnega segrevanja, ki je od 100 do 23.500 krat večji od ogljikovega dioksida, pri čemer ima SF6 največji potencial globalnega segrevanja od katere koli znane snovi. Organofluorne spojine pogosto ostanejo v okolju zaradi močnih vezi ogljik-fluor. Fluor pri sesalcih nima znane presnovne vloge; nekaj rastlin in morskih gobic sintetizira organofluorove strupe (najpogosteje monofluoroacetate), ki pomagajo odvračati napadalce.
Fluoridniioni so tudi vzobnih pastah, koristno je namreč, če z njimi nadomestimo hidroksi ione vmineraluapatitu, ki sestavlja zobnosklenino.Uporablja se tudi za ustvarjanje vročihplamenov (s plamenomvodika in fluora npr. se dosežejo 3700 C).
_NIST_ASD_emission_spectrum.png)
