Dejstvo, da se sestava rastlinstva (flora) in živalstva (favna) med geografskimi območji razlikujeta, je bilo znano že vantiki. VSrednjem veku so različne favne in flore obravnavali kot ločene Božjekreacije, vendar je tak pogled postajal vedno bolj problematičen ko se je z dobo velikih odkritij od15. stoletja dalje pričelo povečevati znanje o ogromni raznolikosti življenja v eksotičnih delih sveta.
Prvi, ki je podal racionalno razlago obstoječih vzorcev raznolikosti, je bilCharles Darwin v svoji knjigiO izvoru vrst (1859), kjer je utemeljil podobnostvrst bližnjih območij s skupnim izvorom in opisal tudi izsledke svojih poskusov na temo sposobnosti razširjanja rastlinskihsemen in majhnih živali. Nekateri zgodovinarji znanosti smatrajo to delo za temelj biogeografije kot znanstvene discipline. Eno od temeljnih del je tudi knjiga Darwinovega sodobnikaAlfreda Russla WallaceaGeographical Distribution of Animals (1876). Wallace, ki se je ukvarjal z vzorci regionalne porazdelitve živali vAmazoniji in naMalajskem otočju, je ločeno od Darwina razvil teorijo o skupnem izvoru podobnih vrst, vendar je bil za razliko od Darwina njegov pristop bolj opisen. Tak pristop je prevladoval nadaljnjih 60 let in šele v20. stoletju so se biogeografi ponovno posvetili mehanizmom in vzrokom razširjenosti vrst.
