Rojen je bil v Dimetoki (sedaj Didymoteiho) vTrakiji kot najstarejši sin sultanaMehmeda II. (1451–1481) inValide Sultan Mükrime Hatun, hčerke Dulejman Beja, šestega vladarjaDulkadirja.[2][3] Turške ljudske pripovedi pravijo, da je bila Mükrime Hatun francoska princesa, ki jo je ugrabil Mehmed II.
Bajazid se je za osmanski prestol boril z bratom Džemom, ki je imel podporoegiptovskihMamelukov. Džem se je po porazu z bratovo vojsko umaknil naRodos, kjer je dobil zaščitovitezov sv. Janeza in nazadnje tudipapežaInocenca III. (1484–1492), ki je hotel Džema izkoristiti za orodje, s katerim bi Osmane izgnal izEvrope. Papeževkrižarski pohod je spodletel, Džema pa so vNeaplju vrgli v ječo, v kateri je leta 1495 umrl.
Na prestol je prišel leta 1481.[4] Bil je, tako kot njegov oče, velik pokrovitelj vzhodne in zahodne kulture, kar med sultani sicer ni bilo v navadi. Veliko truda je vložil v urejanje notranjih zadev cesarstva in zato dobil nadimek Velî (Sveti). Vodil je številne vojne pohode protibeneškemu despotatuMorea naPeloponezu, ki je bil po njegovem mnenju ključ za bodočo prevlado osmanske vojne mornarice v vzhodnemSredozemlju. Zadnja v nizu teh vojn se je končala leta 1501 z osvojitvijo trdnjav v Mistri in Monemvaziji. Bajazid je islamski civilizaciji prizadel tudi nekaj težkih udarcev, ker je z zakonom prepovedal vestisk varabskem inturškem jeziku. Njegova prepoved je v islamskem svetu veljala do leta 1729.[5] Bajazid se je med vladanjem veliko časa ukvarjal z upori na vzhodu, na primer upori kizilbašev. Upore je pogosto vzpodbujal perzijski šah Ismail, ki je bil goreč zagovornik šiitskega islama in zato nasprotnik Osmanskega cesarstva. Osmanska oblast je bila v tem obdobju resno ogrožena, Bajazidov veliki vezir Ali Paša pa je bil v eni od bitk proti upornikom ubit.
Leta1492 je Bajazid poslal vŠpanijo svoje vojno ladjevje pod poveljstvom gusarja in admirala Kemala Reisa, da bi rešiloArabce insefardske Jude, ki jih je izgnalašpanska inkvizicija. Po celem cesarstvu je razglasil, naj jih prijazno sprejmejo.[6] Beguncem je dovolil naselitev v cesarstvu, jim podelil osmansko državljanjstvo in hkrati zasmehoval ravnanjeFerdinanda II. Aragonskega inIzabele I. Kastiljske z besedami:"Ferdinanda si ga drznete imenovati modrega vladarja? Njega, ki je spravil na beraško palico svojo državo in obogatil mojo?"[7] Na guvernerje vseh svojih evropskih provinc je naslovilferman, s katerim jim je ukazal, da jih ne smejo odkloniti, ampak prijateljsko in toplo sprejeti.[7] Vsem tistim, ki bi z begunci slabo ravnali ali jih zavrnili, je zagrozil s smrtno kaznijo. Priseljeni Arabci in Judi so v državo prinesli nove ideje, metode in rokodelske veščine in mnogo prispevali h krepitvi moči Osmanskega cesarstva. Sefardski Judje so leta1493 v Istanbul pripeljali prvo tiskarsko stiskalnico. Med Bajazidovim vladanjem so Judje v cesarstvu doživeli kulturni razcvet. Med njihovimi najbolj znanimi učenjaki so bilitalmudist in znanstvenik Mordekaj Comtino,astronom inpesnik Solomon ben Elijah Sharbit ha-Zaha, Malkiel Cohen in liturgični pesnik Meneham Tamar.
14. septembra 1509 je Istanbul opustošil močan potres.[8][9] Zadnja leta Bajazidovega vladanja so minila v nasledstvenih bojih med sinovomaSelimom I. in Şehzade Ahmedom. Ahmed je nepričakovano zasedel Karaman in začel prodirati proti Istanbulu, Selim pa je zaradi svoje varnosti organiziral upor vTrakiji. Bajazid jeSelima porazil in ga prisilil k begu naKrim, sam pa je v strahu pred izgubo prestola in smrtjo umaknil v Istanbul in Ahmedu prepovedal vstop v mesto.
Selim se je vrnil s Krima in 25. aprila 1512 s podporojaničarjev prisilil očeta k odstopu. Bajazid se je nameraval umakniti v rodno Dimetoko, vendar je 26. maja 1512 na poti v Dimetoko v Büyükçekmeceju umrl. Pokopan je ob Bajazidovi mošeji v Istanbulu.
↑7,07,1The Jewish encyclopedia: a descriptive record of the history, religion, literature, and customs of the Jewish people from the earliest times to the present day, 2. zvezek. Isidore Singer, Cyrus Adler, Funk and Wagnalls, 1912 str. 460.
↑The Encyclopædia Britannica, 7. zvezek, Edited by Hugh Chisholm, (1911), 3;Constantinople, the capital of the Turkish Empire...