Po tom, ako T lymfocyt rozpozná antigen prezentovaný na MHC-I alebo MHC-II molekuleantigen prezentujúcej bunky (APC), rozbehne sa signalizačná kaskáda, vedúca k jeho aktivácii. Ako prvé sú fosforylované ITAM motívy kinázou LCK, asociovanou s CD8 alebo CD4 koreceptorom. Fosforylácia ITAM motívov indukuje príchod ďalšej kinázy ZAP70, ktorá je taktiež aktivovaná LCK. Aktívna ZAP70 následne fosforyluje dva adaptorové proteíny, LAT a SLP76, ktoré slúžia ako lešenie pre ďalšie signalizačné molekuly, ako fosfolipáza Cγ1 (PLCγ1), SOS, ITK, VAV, NCK1 a FYB[9]. PLCγ1 je aktivovaná Itk kinázou a jej aktivita následne vedie k hydrolýze PIP2 na tzv. druhých poslov ("second messengers") diacylglycerol (DAG) a inositol-1,4,5trifosfát (IP3), ktoré zosilňujú signál, čo vedie k aktivite kľúčových transkripčných faktorov, ako NFAT, NfKB či AP1[10].
IP3 väzbou na receptory vápnikových kanálov indukujú výlev vápenatýchiónov (Ca2+) do cytosolu, tie sa potom viažu na calmodulin, ktorý aktivuje kalcineurin a ten fosforyluje NFAT. NFAT sa následne môže dostať do jadra a spustiť transkripciu efektorových génov[10].
DAG zas viaže proteinkinázu C θ (PKCθ) a hromadí ju na memabráne, kde viaže CARMA1 protein. Po zmene jeho konformácie sa viaže na ďalšie adaptorové proteíny, ktorých komplex aktivuje ubiquitin ligázu TRAF6. Ubiquitinácia TRAF6 vedie k tvorbe ďalšieho komplexu aktivujúceho IKK, kinázy degradujúcej inhibitor IκB, ktorý nemôže brániť NFκB v presune do jadra a spustení transkripcie[10][11].
AP1 aktivita je závislá na MAPK signalizačnej dráhe. Tá je charakteristická kaskádovitou fosforyláciou MAPK kináz. Prvotná aktivácia je GTPázou Ras alebo Rac fosforylujúcu MAP3K. Séria fosforylačných reakcií vyústi do fosforylácie podjednotky Jun, ktorá vytvorí komplex s Fos. Spolu tvoria heterodimer AP-1, slúžiaci ako transkripčný faktor[10].
