Keďže zvolením za pápeža sa stal súčasne hlavou pápežského štátu, hneď po zvolení vyhlásil amnestiu pre politických väzňov, zrušilcenzúru a uskutočnil niektoré praktické reformy v pápežskom štáte. To, že niekoľkokrát podporil talianskynacionalizmus, mu prinieslo veľkú popularitu. Tá však upadla, keď sa vyjadril, že napriek svojmu presvedčeniu o potrebe svetskej moci Svätej stolice, v nijakom prípade nechce zriadiť konštitučný štát. Odmietol tiež zapojiť sa do vojny za vyhnanie Rakúšanov z Talianska, čo sa pokladalo za zradu z jeho strany. Po nacionalistických povstaniach v roku1848 musel utiecť z Ríma. O pomoc získať Rím späť, požiadal prezidenta Francúzskej republiky Ľudovíta Napoleona, a na jeho príkaz francúzske jednotky vyhnali republikánsku armádu, na čele ktorej stálGiuseppe Garibaldi. Po Piových liberálnych postojoch už nebolo ani stopy.
Pius IX. stál na čele katolíckej cirkvi v čase, keď sa Taliansko zjednocovalo, a tak v septembri1860, po porážke novovzniknutej pápežskej armády prišiel Pius o všetky časti pápežského štátu, okrem Ríma a jeho blízkeho okolia. Vzniklo nové talianske kráľovstvo a pápež žil 10 rokov pod ochranou francúzskej posádky, ktorá sa po vypuknutí francúzsko-pruskej vojny musela stiahnuť, a20. septembra1870 Rím obsadili talianske vojská. Pius IX. nikdy neuznal zjednotené Taliansko, a napriek tomu, že mal zabezpečenú nedotknuteľnosť, na protest viac nevykročil zVatikánu.
Zdá sa, že politicky bol Piov pontifikát katastrofou, no z cirkevného hľadiska bol plný úspechov. Založil vo svete vyše dvesto nových diecéz a apoštolských vikariátov, hlavne v USA a britských kolóniách, obnovil latinský patriarchát v Jeruzaleme, uzavrel konkordáty s mnohými štátmi. Za jeho vlády narástla centralizácia moci, ale prejavila sa aj veľká duchovná obroda na všetkých stupňoch v cirkvi.
Z toho, čo Pius IX. počas svojho pontifikátu vykonal, zvlášť významné sú tri udalosti:
Životopisci vyzdvihujú jeho mimoriadnu zbožnosť, jeho sympatickú povahu, láskavý humor a trpezlivosť v nešťastí. Napriek tomu, antiklerikálny rímsky dav,13. júla1881, pri prenášaní jeho pozostatkov z chrámu sv. Petra (kde bol dočasne pochovaný), do kostola San Lorenzo fuori le Mura, sa pokúsil jeho rakvu hodiť do riekyTiber.