Turnaj sa po prvýkrát odohral v roku2000 vBrazílii. Pozostával z ôsmich účastníkov, šesť z nich boli víťazmi kontinentálnych majstrovstiev, ďalší boli víťaz brazílskej ligy a víťaz Interkontinentálneho pohára. Tento turnaj mal jeden problém,Manchester United musel odstúpiť z anglického poháraFA Cup aby sa mohol zúčastniť tohto turnaja. Tento problém vyvrcholil sporom organizáciiFIFA aUEFA, obidvaja chceli prebrať kontrolu týchto majstrovstiev. Nakoniec ju získala FIFA. Finále hrali brazílske klubyCorinthians aVasco da Gama ktoré podali otrasný výkon.
V roku2001 sa mal konať druhýkrát tento turnaj vŠpanielsku s 12 tímami. Neuskutočnil sa kvôli finančnému kolapsu FIFA-vému marketingovému partnerovi International Sports and Leisure. V roku2003 tento turnaj nemohli opäť spustiť. FIFA nakoniec zlúčili Interkontinentálny pohár s Majstrovstvami klubov. Posledné finále Interkontinentálneho pohára sa odohral v roku2004.11. decembra2005 sa uskutočnil druhýkrát Majstrovstvá klubov FIFA.
V roku2005 mal turnaj kratší priebeh ako predchádzajúci turnaj. Bolo to kvôli ročným obdobiam naprieč všetkým kontinentoch. Hralo sa na systém play-off, ale kontinentálny víťazi sCONMEBOLA aUEFA mali istú účasť v semifinále.
Na ďalší šampionát na rok2006 sa oficinálny názov stal „Majstrovstvá klubov FIFA“. Tento turnaj sa konal v rokoch2006,2007 a2008 vJaponsku a v rokoch2009 a2010 sa uskutoční vSpojených arabských emirátov. Od roku2007 sa uskutočnil zápas o štvrťfinále zvíťazom liga majstrov Oceánie a po prvýkrát s víťazom domácej ligy hosťujúcej krajiny s dôvodu o zvýšenie návštevnosti. V roku2008 sa uskutočnil zápas o piate miesto z dôvodu rozdelenia finančných odmien.
Vo februári2008 bol navrhnutý pohár pre víťaza turnaja. Víťaz mal právo si túto trofej ponechať až do ďalšieho finále turnaja. Spočiatku mali právo mať tento pohár až štyria predchádzajúci víťazi až do finále roka2008 keď po víťazstve dostali toto právaManchester United.
