Narodil sa ako starší z dvoch synov Johna Locka (1606 – 1661) a Agnes Keeneovej (1597 – 1654). Spolu s bratom Thomasom trávil detstvo neďalekoBristolu na majetkoch starého otca Nicholasa, ktorý obchodoval s tkaninami. Jeho otec pracoval na zmierovacom súde a zároveň sa živil ako správca vo vplyvnej rodine Pophamovcov. Práve vďaka dobrým stykom s Pophamovcami mohol pre svojho syna, Johna Locka, zabezpečiť miesto naWestminsterskej škole vLondýne. Nastúpil tu v roku1647 na štúdium starovekých jazykov (hebrejčina), no so školou nebol príliš spokojný. V máji roku1652 bol poslaný do prestížnejChrist Church College vOxforde. Ani tunajšie kurikulum a zastaranéscholastické metódy sa mu príliš nepozdávali. Začal sa sústreďovať na čítanie modernejliteratúry a filozofie (René Descartes). V roku1654 mu boli publikované jeho prvé dve práce,básneMusarum Oxoniensium Elaiophoria. Štúdium dokončil v roku1658 (bakalársky titul získal už v roku1656).
Hoci nemal celkom jasnú predstavu o svojej budúcnosti, začal sa zaujímať omedicínu, od ktorej pozvoľna prešiel k prírodnej filozofii. Prejavoval tiež živý záujem o modernú mechanickú filozofiu, osobne sa zoznámil s viacerými vedcami (Robert Hooke). V roku1660 sa Locke stretol sRobertom Boylom, slávnymchemikom a zakladateľomKráľovskej spoločnosti. Boyle mal vlastné laboratórium a sústredil okolo seba mladých vedcov, aby sa venovali novej metóde experimentu. John Locke sa stal aktívnym členom tejto skupiny a s Boylom sa stali blízkymi priateľmi.
Lockovo postavenie v Oxforde sa zatiaľ vyvíjalo pozitívnym smerom. V roku1659 sa stal postgraduálnym študentom, v roku1661 asistentomgréčtiny, v roku1663 asistentomrétoriky a roku1664 získal miesto v morálnej filozofii. Ako učiteľ mal tiež viesť hodiny venujúce sa teórii prirodzenéhopráva. Jeho vlastné dišputácie, ktoré si na tieto hodiny pripravil, boli neskôr publikované pod názvomEseje o prirodzenom práve. V Oxforde bolo zvykom, že väčšinu univerzitných učiteľov tvorili duchovní. Aj na Locka začal byť vyvíjaný nátlak, aby vstúpil docirkvi, čo však odmietol a onedlho sa vydal na cesty.
V roku1665 sa stal tajomníkom v diplomatickej misii k brandenburskému kurfirstovi. Misia síce zostala bez úspechu, no Lockovi sa táto cesta zapáčila a do zahraničia sa vydal ešte niekoľkokrát. Po návrate do Oxfordu sa začal znovu venovať medicíne, no licenciu na vykonávanie praxe získal až v roku1675. Napriek tomu sa medicína jeho riadnou profesiou nikdy nestala. V roku1664 zomrel jeho brat Thomas, a hoci John s ním pravdepodobne neudržiaval bližšie vzťahy, vyplatil jeho vdove príslušiace dedičstvo. John sám nebol nikdy ženatý a nezanechal ani žiadne deti. I keď sa tešil ženskej spoločnosti a priateľstvu, žiaden vzťah sa do vážnejšej známosti nerozvinul.
Lockov život výrazne ovplyvnilo stretnutie s lordom Ashleym (neskorší gróf zo Shaftesbury a lord kancelár) v roku1666. Onedlho sa presťahoval k nemu doExeter House v centre Londýna a stal sa jeho tajomníkom a lekárom. Pod vplyvom Ashleyho a udalostí doby sa interesuje tiež o spoločenské dianie. Začal sa aktívne zúčastňovať na politike. Bol vymenovaný za tajomníka Komisie snemovne lordov o Karolíne a pomohol tiež vypracovať jej novú ústavu. U Shaftesburyho mal navyše možnosť príležitostne sa venovať aj medicíne, viedol dokonca operáciu cysty, ktorá zachránila Shaftesburymu život. Práve počas pobytu u Shaftesburyho začal Locke pracovať na svojich ďalších dielach – v roku1667 napísalEsej o tolerancii, v roku1668Niekoľko úvah o znížení úrokov a zvýšení hodnoty peňazí. V roku1671 rozpracováva slávnuRozpravu o ľudskom rozume. Keď Ashleyho povýšili na lorda kancelára Anglicka (1672), stal sa Locke jeho tajomníkom. Táto funkcia mu bola prospešná pri formulovaní myšlienok o obchode aekonomike.
Pre zdravotné problémy a priveľký pracovný stres sa Locke v roku1675 rozhodol usadiť na nejaký čas voFrancúzsku, rok pobýval priamo vParíži. Do Anglicka sa vrátil po štyroch rokoch v roku1679. V krajine sa práve odohrávali politické konflikty medzi katolíckym kráľom a protestantským parlamentom. Vodcom opozície bol práve jeho dobrý známy, gróf Shaftesbury. Organizoval dokonca aj akcie na podporu vojvodu z Monmouthu (kráľov syn – protestant v exile). Nie je celkom jednoznačné, či a ako sa do týchto akcií zaplietol aj Locke, ktorý sa síce zdržiaval v Oxforde, no zachovali sa správy o tom, že jeho chovanie bolo priveľmi tajnostkárske. Shaftesbury bol napokon uväznený a ušiel doHolandska, kde v roku1683 aj zomrel.
Ešte toho roku sa doAmsterdamu presťahoval aj Locke. Našiel tu ďalšieho dobrého priateľa, liberálnehoteológaPhilippa van Limborcha. Nasledujúceho roku bol Locke na kráľov rozkaz pre blízku spoluprácu so Shaftesburym vylúčený zChrist Church College. Po neúspešnom povstaní vojvodu z Monmouthu navyše kráľJakub II. požiadal Holandsko o jeho vydanie. Locke preto na čas odišiel do ilegality pod menomdr. van Linden. Počas pobytu v Holandsku mal dostatok času na písanie. Napísal tu, pôvodne ako listy priateľovi,Niekoľko myšlienok o vzdelávaní. Anonymne uverejnilPrvý list o tolerancii (1689). Locke ešte stále pracoval aj na svojejRozprave o ľudskom rozume a v roku1688 bol uverejnený výťah z tejto práce vBibliothéque Universelle (literárny časopis).
Locke zotrval v Holandsku päť rokov a za ten čas mu krajina prirástla k srdcu. Do Londýna sa opäť vrátil spolu s princeznou Máriou po ukončení revolúcieViliama Oranžského protiJakubovi II. vofebruári1689. V Londýne sa mu začalo dariť a čoskoro sa stal slávnym. Krátko po jeho návrate bol uverejnenýList o tolerancii. Konečne bolo publikované aj jeho najslávnejšie dieloRozprava o ľudskom rozume (1689). Opäť sa aktívne angažoval v politike, odmietol miesto veľvyslanca (z časových dôvodov) a začal zastávať post odvolacieho komisára.
Z Londýna však musel pre zdravotné dôvody opäť odísť, tentoraz do Oates v Essexe. Strávil tu v blízkosti svojich priateľov sira Francisa a Lady Mashamovej väčšinu času od roku1691. Lady Mashamová, jeho blízka priateľka, ho spolu so svojou rodinou prijala vo svojom dome a opatrovala až do jeho smrti. Aj napriek zriedkavejším návštevám Londýna si Locke udržal živý záujem o dianie v politike, bol intelektuálnym vodcom strany whigov. Znovu sa tiež začal venovať ekonomike. Patril medzi zakladajúcich akcionárov Anglickej banky aj klubu College, ktorý vyvíjal snahu zabrániť poškodzovaniu peňazí. Svoje ekonomické názory opisoval v práciKrátke postrehy o tlačených novinách (1695). V roku1696 bol vymenovaný za hlavného komisára pre obchod a plantáže a túto funkciu zastával veľmi horlivo.
Neprestal sa však venovať ani filozofickej práci. V roku1693 publikovalNiekoľko myšlienok o vzdelávaní, o rok neskôr vyšla druhá verziaRozpravy. V otázkach náboženstva zastával jednoduchšiu verziukresťanstva, túto svoju predstavu načrtol v práciRozumnosť kresťanstva (1695). Práca sa však stretla s dosť negatívnym ohlasom a Locke bol obvinený, že je unitár. Na svoju obhajobu napísal ďalšiu prácu s príznačným názvom – Obhajoba rozumnosti kresťanstva. V nasledujúcich rokoch napísal ešte niekoľko listov a úvah s náboženskou tématikou ako odpovede biskupovi zWorcesteru, ktorý Lockove myšlienky razantne odmietal.
Locke nezostal v Essexe spoločensky izolovaný, prijímal tu množstvo slávnych i menej slávnych návštev. Patrili k nim ajIsaac Newton,John Dryden aMolyneux. Jeho zdravotný stav sa však opäť zhoršil, mal problémy s dýchaním, pre ktoré bol dokonca pripútaný ku kreslu. Pravdepodobne z týchto dôvodov roku1700 rezignoval na všetky svoje miesta v Londýne. Ďalej sa venoval už len písaniu komentára k listom svätého Pavla (uverejnený posmrtne1705). V apríli roku1704 spísal svoju poslednú vôľu a v septembri sa prihlásil k autorstvu prác, ktoré publikoval anonymne. Zomrel 28. októbra 1704. Svoje osobné listiny a polovicu majetku zanechal mladému právnikovi Petrovi Kingovi, na ktorého niekoľko rokov dohliadal a ktorý sa neskôr stal lordom kancelárom Anglicka. Druhú polovicu svojho majetku odkázal lady Mashamovej.
John Locke zanechal rozsiahly filozofický odkaz pre mysliteľov a politikov18. storočia, najmä v liberálnej línii. Jeho diela mali hlboký vplyv naVoltaira, svojou teóriou spoločenskej zmluvy ovplyvnilAlexandra Hamiltona,Jamesa Madisona aThomasa Jeffersona. Jeho spisy boli priamo využité pri formulácii Vyhlásenia nezávislosti a americkej ústavy. Epistemologická teória, ktorú navrhol Locke, bola rozoberaná a kritizovaná ďalšími generáciami filozofov (Berkeley). V19. a20. storočí, najmä vďaka rozvoju analytickej filozofie a filozofie jazyka (Russel, Wittgenstein), bola napokon úplne vyvrátená, no stále je považovaná za dôležitý základný kameň novovekej filozofie.
