Pred svitaním, dňa9. augusta, odštartoval z letiska na ostroveTinian bombardérB-29 Superfortress s prezývkouBockscar. Na palube lietadla bola umiestnená aj takmer 5 tonováplutóniová bomba. Po dosiahnutí výšky 2300 metrov zamierilo lietadlo na severovýchod smerom naJaponsko. Informácie o počasí v cieľovej oblasti získavala posádka lietadla nesúce atómovú bombu od dvoch prieskumných lietadiel, ktoré vyzlietli ešte pred štartomBockscaru. Jedno prieskumné lietadlo letelo smerom na hlavný cieľ, naKokuru, a druhé nabralo kurz na náhradný cieľ, na mesto Nagasaki. Posádka lietadlaBockscar mala rozkaz previesť bombardovanie vizuálne, a keďže nad hlavným cieľom bola pomerne veľká oblačnosť, lietadlo zamierilo na náhradný cieľ Nagasaki. Plutóniová bomba bola zhodená na mesto o 11 hodine a 1 minúte. LietadloBockscar sa vrátilo na Tinian s jedným medzipristátím naOkinave. V Nagasaki zomrelo okamžite po výbuchu 35 000 ľudí, ďalších 25 000 ich zahynulo po následkoch výbuchu.