Cusco založili okolo roku1200Manco Capac so sestrouMama Ocllo na pokyn svojho otca, ktorým bol Veľký Con TicciViracocha (boh stvoriteľ, hlavný bohInkov a obyvateľov ich ríše). Podľa legendy je Cusco postavené v strede sveta a preklad jeho názvu doslova znamená "Pupok sveta". Cusco sa stalo prepychovým hlavným mestom mocnejríše Inkov a vládlo úspešne nad 6 miliónmi obyvateľov. Toto obdobie pripomínajú mohutnéhradbySacsayhuamán, ktoré sa nachádzajú 200 metrov nad mestom, posvätnéKenko, inkské kúpeleTambo Machay,Puca Pucara,Písac, Posvätné údolie Inkov – Valle Sagrado,Ollantaytambo a vynikajúce exponáty vMuseo Arqueológico.
Cusco bolo vybudované do podoby posvätného zvieraťa – pumy, ktorej brucho tvorilo rozsiahle námestie. Dnes toto námestie obklopujúarkády postavené vkoloniálnom štýle, slávna katedrála s čiernymKristom,jezuitský chrám. Budovy sú postavené na základoch inkských palácov, ktoré boli vybudované bez použitiamalty z obrovských kamenných kvádrov, ktoré boli opracované tak, že sa medzi ne nedá vložiť čepeľ noža. Kresťanský kostol adominikánsky kláštor Santo Domingo stoja na základoch, ktoré kedysi patrili najkrajšiemu a najvýznamnejšiemu chrámu inkskej ríšeCoricancha – Zlatý dvor.
Keď do mesta prišielFrancisco Pizarro so svojou hordou dobrodruhov, ktorá sa hnala zazlatom astriebrom, všetko, čo bolo zo zlata a striebra roztavili, zdemolovali paláce a umelecky zdobené stavby a kameň z nich použili na výstavbu svojich kresťanských chrámov. Na pôvodne slávnostnom a kultovom námestí Inkov vzniklo námestie Plaza de Armas nového španielskeho mesta a dodnes je stredobodom Cusca. Tu stojí ajkatedrála, ktorú postavili v 16. a 17. storočí na základoch paláca vládcu Viracochy. Vo vnútri katedrály je nádherne vyrezávanýchór,oltár a maľby. Vo východnej časti námestia stojí kostol La Compañía de Jesús zo 17. storočia, ktorého múr je časťou pôvodného Hadieho chrámu Inkov. Španieli stavali dnešné Cusco podľa pôvodného pôdorysu mesta a ani dve katastrofálnezemetrasenia v rokoch1650 a1950, ktoré narobili veľké škody, ani nasledujúca výstavba nezmenila pôvodný charakter mesta.
