Spoločnosť vznikla ako reakcia na svojho nizozemského protivníka. Zakladacia charta bola vydaná31. decembra1600 kráľovnouAlžbetou I., avšak bola časovo obmedzená, musela sa teda po niekoľkých rokoch opäť obnovovať. Táto listina zaručovalamonopol, spoločnosť mohla dokonca zhabať taký tovar, ktorý jej podľa monopolu výhradne patril. Na čele spoločnosti stal guvernér a rada 24 prezidentov s jednoročným mandátom. Každý riaditeľ bol na čele určitej komisie, ktoré zodpovedali za jednotlivé činnosti spoločnosti. Dňa31. mája1609 kráľJakub I. vyhlásil Alžbetinu chartu za „večnú“, avšak vyhradil si právo raz za tri roky listinu pozmeniť.
Aj keď obchod s korením v Indonézii bol v rukách Portugalčanov a Holanďanov, Briti hľadali svoje základne na menej frekventovaných miestach, predovšetkým vPrednej Indii. Svoje faktórie a základne založili pri pobrežíČerveného mora a vMaskate,Surate aMačilípatname v Indii. Prenikli aj na Ostrovy korenia (Moluky) a dokonca zriadili faktóriu v japonskomHirade, odkiaľ boli ale v roku1623 vyhnaní.
Na prelome 20. a 30. rokov začalo pre spoločnosť obdobie vážnej krízy. Mórova epidémia v Anglicku v roku1625, po nej nasledujúca hospodárska recesia a zúriacatridsaťročná vojna na kontinente značne sťažila financovanie spoločnosti. Situácii nepomohli ani vojny a hladomor v indickomGudžaráte ani zvyšujúca sa holandská konkurencia (bežne dochádzalo k pirátskym prepadom a bojom medzi východoindickými spoločnosťami). Naviac ešte musela bojovať s vnútornou konkurenciou v podobe utvárajúcej saŠkótskej Východoindickej spoločnosti, ktorú musela nakoniec tá britská vyplatiť ako u kráľa (pôžička£20 000 ), tak aj u zakladateľa ŠVIS Jamesa Cunninghama. Spoločnosť musela uzavrieť niektoré faktórie, úplne sa stiahla z Moluk. Najväčšia pohroma však prišla počasobčianskej vojny v Anglicku. Akcionári spoločnosti sa rozdelili na republikánov a royalistov, naviac ich lode boli použité v bitkách pohnevaných strán. V roku1653Oliver Cromwell dokonca zastavil platnosť charty spoločnosti. Tá bola obnovená v roku1657 za „pôžičku“ £50 000.
Po reštaurácii kráľovskej moci v Británii sa situácia menila k lepšiemu. Pomohol jej nepriateľský vzťah s Cromwellom a pár „pôžičiek“ kráľovi (£3 000) a jeho bratovi (£1 000). Ďalšou vzpruhou pre spoločnosť bol tzv.Zákon o plavbe (1651), ktorý vylučoval Holanďanov z obchodu s Anglickom. Naviac získala rozsiahle práva, čo sa týka styku s ázijskými štátmi. Spoločnosť mohla vyhlasovať vojnu a uzatvárať mier s domorodými vládcami, spravovať územia okolo svojich pevností a súdiť a trestať miestne obyvateľstvo. Taktiež mohla raziť mince (1676), len pre použitie v Oriente. Začala tedy raziťrupie, picey a pagody. Tým získala takmer úplnú hospodársku nezávislosť od panovníka. Dôležitú rolu hralo priradenie korunnej provincie na ostroveBombaj (veno kráľovnejKataríny z Braganzy) do jej rúk.
