Mastná kyselina sa zmeníacyl-CoA syntázou na zlúčeninu acyl-CoA (substitúciahydroxylovej skupiny za ~S-CoA). Táto zlúčenina bude prechádzať procesom beta-oxidácie.
Zvyšok CoA sa vymení zakarnitínový zvyšok, prejde mitochondriálnou membránou, vráti sa zvyšok CoA.
zaháji sa vlastné odbúravanie – dehydrogenácia zlúčeniny v polohe β – medzi druhým a tretímuhlíkom vzniknedvojná väzba, pričom dôjde k hydrogenácii (redukcii) molekulyFAD na FADH2. Vzniká (hexa-2-enoylCoA).
Nasledujeadícia vody na novo vzniknutú dvojnú väzbu. Vzniká (3-hydroxyhexanoyl-CoA).
Dehydrogenácia novo naviazanej hydroxylovej skupiny (redukcia molekulyNAD+ na NADH).
Za účasti koenzýmu A sa od zlúčeniny odštiepi acetyl-CoA a novo vzniknutá oxozlúčenina acyl-CoA (s o dva uhlíky kratším zvyškom) postupuje späť do bodu 3 (dokiaľ sa všetky mastné kyseliny takto nerozštiepia).