Športový klub vznikol v roku 1904 pod názvom "Società Studio e Divertimento". Futbalový oddiel bol sformovaný v roku 1908 a nazvanýSocietà Sportiva Robur. V sezóne 1933/34 dostal klub svoj súčasný názov "Associazione Calcio Siena". V nasledujúcej sezóne postúpila Siena prvýkrát doSérie B. V ročníku 1945/46 hral klub po prvý raz vnajvyššej súťaži. V tejto sezóne sa však nedalo hovoriť úplne o Sérii A, pretože liga bola zložená z rôznych skupín a tímov, a prakticky v nej hrali tak kluby zo Série A, ako aj zo Série B. Siena bola považovaná práve za druholigový tím a preto je sporné, či sa dá vôbec pôsobenie Sieny v tomto roku brať ako prvoligové. V sezóne 2000/2001 hrala Siena po 5 desaťročiach strávených v nižších súťažiach opäť Série B. V sezóne 2002/03 skončila Siena v Sérii B druhá a po 58 rokoch opäť postúpila do najvyššej talianskej futbalovej súťaže.