Srednjovjekovni islamski pisci su vjerovali da naziv “Samarra” dolazi od arapskog izraza “Sarre men ra’a” što znači “Radost za sve koji vide”. To je, međutim, samo narodna predaja koja nema veze s historijskim podacima.
Iako je današnje arheološko nalazište prekriveno glinenim opekama prilično široko, u drevnim vremenima je oblast današnje Samarre nije bila gusto naseljena, s izuzetkomkalkolitskeSamarske kulture (cca 5500–4800. pne.) koju odlikuje bogato nalazišteTell Sawwan, gdje dokazi o navodnjavanju —uključujućilan— ukazuju na postojanju prosperitne sjedilačke kulture s visoko razvijenom društvenom strukturom. Kultura je najpoznatija po finoj grnčariji ilustriranoj s prizorima životinja i ptica, te geometrijskim oblicima na tamnoj pozadini. Taj kasnije prilično rašireni oblik grnčarije, jedan od prvih koji se proširio na veliku oblast, je jedan od prvih koji je postao jedinstven za cijeliDrevni Bliski Istok, a njegovi prvi tragovi potječu upravo iz Samarre. Samarrska kultura bila je prethodnicommezopotamske kulture izubaidskog perioda.
GradSur-marrati, ponovno osnovan od straneSenaheriba godine 690. pne., premasteli u baltimorskojWalters Art Gallery, se često povezuje s utvrđenimasirskim nalazištem al-Huwaysh, na obali Tigrisa nasuprot današnje Samarre.
Drevni toponimi za Samarru koje spominje Arheološki pregled Samarre su: grčki:Souma (Ptolemej V.19,Zosim III, 30), latinski:Sumere, tvrđava spomenuta prilikom povlačenja vojskeJulijan Apostat godine 364. (Amijan Marcelin XXV, 6, 8), isirijskiSumra (Hoffmann,Auszüge, 188; Michael the Syrian, III, 88), opisan kao selo.
Veće naseljavanje je omogućeno otvaranjem Qatul al-Kisrawija, sjevernog produžetka kanalaNahrawan koji je dovodio voduTigrisa u oblast Samarre, što se poYaqutu (Mu`jam v. "Qatul") pripisujesasanidskom kraljuKhosrau I Anushirvanu (531–578). Da bi se proslavio dovršetak izgradnje, komemorativni toranj (današnji Burj al-Qa'im) je sagrađen na južnom rukavcu južno od Samarre, a palača s "rajem" ili zagrađenim parkom za lov je sagrađena na sjevernom rukavcu (današnjiNahr al-Rasasi) u bliznial-Daura. Dodatni kanal, Qatul Abi al-Jund, je prokopan odabasidskog kalifaHarun al-Rashida, i proslavljen izgradnjom planskog grada u oblliku osmerokuta (moderni Husn al-Qadisiyya), koji se zvao al-Mubarak, a koji je nedovršen i napušten godine 796.
Do tog vremena je pred-islamsko naselje već bilo zamijenjeno novim gradom osnovanim833. Samara će ostati prijestolnicommuslimanskog svijeta do godine 892. kada se Baghdad ponovno postao prijestolnicom podal-Mu'tamidom. Al-Mu'tasim'sov nasljednikal-Wathiq je Samaru razvio u trgovačko središte, a još više se razvila pod kalifomAl-Mutawakkilom.
Potonji je potakao izgradnjuVelike džamije Samarre sa spiralnimminaretim ili malwiyahom, a koja je izgrađena847. Također je sagradio parkove i palaču za svog sinaAl-Mu'tazza. Pod vlašćuAl-Mu'tadida, abasdiska prijestolnica je ponovno postao Baghdad a Samarra ušla u period dugotrajnog nazadovanja, koje je postalo još veće nakon što se u13. vijeku promijenio tok Tigrisa.
U gradu se također nalaziDžamija Al Askariya, koja sadrži mauzolejeAli al-Hadija iHasan al-Askarija, desetog i jedanaestogšijitskog imama, isto kao i oltarMuhammad al-Mahdija, poznatog kao "Skriveni Imam", koji je dvanaest i posljednji imam šijita. Zbog toga je Samarra postalo važno središte za šijitska hodočašća. Uz to suHakimah Khatun iNarjis Khatun, rođake Proroka Mohameda i šijitskih imama, koje podjednako štuju i sunitski i šijitski muslimani, pokopane u toj džamiji, što je čini jedno od najvažnijih mjesta kako za šijite i sunite.
U20. vijeku je Samarra dobila novu važnost kada je izgradnjom brane na rijeci izgrađeno jezero i tako spriječene česte poplave Baghdada nizvodno. Zbog brane su mnogi stanovnici u okolici bili prisiljeni preseliti se u grad i tako povećati broj njegovih stanovnika.
Samarra je ključni grad provincije Salahuddin, koja predstavlja važan dioSunitskog trokuta gdje su pobunjenici bili prilično aktivni od završetka američke invazije na Irak godine 2003. Iako je Samarra poznata po svetim mjestima za šijite, uključujući grobove nekolikošijitskim imamom, gradom dominiraju suniti. To je izazvalo napetosti, pogotovo nakonameričke invazije Iraka.22.2.2006, zlatna kupoladžamije Al Askari bila je uništena u bombaškom napadu, što je izazvalo vjerske nerede širom zemlje koji su odnijeli stotine života. Nijedna organizacija nije preuzela odgovornost za napada, ali se vjeruje da iza njega stoji Mudžaheinsko vijeće Shure, ili njime bliske grupe.
16.3.2006Vojska SAD je u Samarri ([1]) "najveći zračni desant" od invazije, zvanOperacija Swarmer, kome je svrha bila uništiti "pobunjenička uporišta" u rijetko naseljenoj oblasti sjeverno od Samarre a za koju se vjeruje (npr.[2]) da nije bila ništa drugo do vježba upropagandne svrhe.
