ZaRimskog carstva su Rajna iDunav formirale najveći deosjevernogLimesa(granice), od tog doba Rajna je vitalan plovni put, kojim se prevozi roba u unutrašnjost kontinenta. Služila je i kao odbrambena linija, a često je regionalna i međunarodna granica. Brojnizamcii praistorijskegradine svedoče o njenoj važnosti kao vodenog puta.
Rajnaizvire uLepontinskim Alpama uKantonu Graubünden, gde se spajaju njene dve pritoke, Vorderrhein i Hinterrhein. Vorderrhein izvire iz jezeraTomasee i teče kroz živopisni kanjon Ruinaulta (švajcarski Veliki kanjon). Hinterrhein izvire izglečera Paradies pored švicarske južne granice. Nešto niža pritoka Reno di Lei dotiče iz doline Val di Lei uItaliji.
Obe pritoke sastaju se u blizini mestaReichenau u Graubindenu. Odatle Rajna, kao Alpska Rajna, teče na sever do graniceLihtenštajna i kasnijeAustrije, a zatim se uliva uBodensko jezero. Ponovi se izliva iz Bodenskog jezera, i kao Gornja Rajna prolazi preko Vodopada Rajne, gde se u nju uliva rekaAare, koja gotovo duplo uvećava količinu vode do gotovo 1.000m³/s. Zatim čini granicuNemačke dok se ne okrene ka severu kod Kolena Rajne kodBasela.
Posle Basela, kao Gornja Rajna, formira južni deo granice izmeđuNemačke iFrancuske u širokoj dolini, pre nego što uđe u Nemačku kodRheinstettena, poredKarlsruhea.
Duga više od 1000 km Rajna najvećim delom prolazi kroz Nemačku. Tu se u Rajnu ulivaju brojne pritoke, kao što suNeckar,Majna i kasnijeMozel, koja donosi dodatnih 300m³/s.
IzmeđuBingena iBona, Srednja Rajna teče krozDolinu srednje Rajne, formaciju stvorenu erozijom, koja se dogodila otprilike u istom periodu kada se okolno zemljište uzdiglo, dok je reka ostala na svom prvobitnom nivou.Kanjon je vrlo dubok, a poznat je po mnogobrojnimzamcima ivinogradima. Nalazi se na listiSvetske baštine, a poznat je kao „romantična Rajna“, sa više od 40 zamaka i tvrđava izsrednjeg veka i mnogih živopisnih vinogradarskih sela.
Iako ima dosta industrijskih mesta duž Rajne, najveći deo industrije skoncentrisan je oko Donje Rajne uRuhr, gde Rajna protiče pored velikih gradova,Kölna,Düsseldorfa iDuisburga. RekaRur, koja se uliva u Rajnu kod Duisburga je iznenađujuće čista i koristi se kao voda za piće. Ona dodaje Rajni još 70m³/s. Međutim, druge reke izRuhra, a naročitoEmscher, su prilično zagađene. Približujući senizozemskoj granici Rajna dostiže prosečni protok vode od 2.290m³/s, a prosečna širina joj je više od 300metara.
ImeRijn (Rajna) odavde se koristi samo za manje rukavce dalje na severu koji su urimsko doba činili glavni tok reke Rajne. Iako nose to ime, ovi rukavci zapravo i ne nose vodu reke Rajne, već služe za isušivanje okolnog zemljišta ipoldera. OdWijk bij Duurstedea, stari severni rukavac Rajne zove se „Vijugava Rajna“ (Kromme Rijn) i prolazi krozUtrechta i dalje do Severnog mora.
Za vremeSrednjeg paleolita, oko 100.000-30.000. pne. (datumi uveliko variraju) zapadnu Evropu, uključujući doline Rajne i Dunava, nastanjivao jeNeandertalac, koji je pripadaoMusterijenskoj kulturi kamenih oruđa. Veruje se da je Neandertalac evoluirao od svog prethodnikaHomo erektusa u blizini glečera, ali ovo pitanje nije definitivno rešeno.
Neandertalska nalazišta su zastupljenija na jugu, gde su preovladavale otvorene šume, a krečnjački teren je nudio više pećina za stanovanje. Rajna je tekla kroz otvorenu tundru, gde su Neandertalci lovili krupnu divljač, kao što sunosorozi imamuti. Zbog toga su musterijanska nalazišta otkrivena u i oko doline Rajne.
Pre otprilike 5600 godina pne, dolinu Rajne, kao i najveći deo Evrope, nastanjivao jeKromanjonac namezolitskom stupnju kulturnog razvoja; što će reći da je bio lovac i sakupljač, ali je imao veća i specijalizovanija oruđa negopaleolitski čovek, znao je više o biljkama i životinjama, a možda je neke životinje i pripitomio.
U ranomgvozdenom dobu, obe obale Rajne nastanjivala sukeltska plemena. Međutim, na početku preromanskog gvozdenog doba, oko600. pne.,proto-germanska plemena su prešla rekuVesser iHaller, i raširila se duž čitave obale Rajne. Ova ekspanzija se u arheologiji nazivaJastorfska kultura. Od oko500. pne. i kasnije, donja Rajna, a ne Vesser i Haller, bila je granica između keltskih i germanskih plemena.
Blackbourn, David (2006)The Conquest of Nature: Water, Landscape and the Making of Germany. The transformation of the Rhine since the eighteenth century.
