Pelagije je bio iz uglednerimskepatricijske porodice, njegov otac Ivan, izgleda da je bio bizantski carski namjesnik jedne od dviju provincija (dijeceza) na koju jeItalija tad bila podjeljena.
Kad je papaVigilije je otišao uKonstatinopolis po nalogu caraJustinijana I., Pelagije je ostao uRimu kao njegovlegat. Upravo tad počela jeostrogotska opsada Rima, pod vodstvom njihova kraljaTotila. Pelagije nije šedio vlastito bogatstvo nastojeći se nekako dodvoriti Totilu, da odustane od opsade i napada na Rim, i tako pomoći svojim gladnim sugrađanima. Njegovi napori nisu urodili plodom, i Totil je zauzeoRim u decembru546. Totil je ipak poštedio građane i pristao poslati Pelagija uKonstatinopolis kao pregovarača, koji je trebao u njegovo ime dogovoriti mir saJustinijanom I.. Justinijan je odbacio Totilove prijedloge, i poslao ga natrag u Rim sa porukom da je zaBizant njihov zapovjednikVelizar - pravi vladarItalije, a da sa njim nemaju što pregovarati.
Pelagije je izabran za papu16. aprila556. kaoJustinijanov kandidat, prije svog ustoličenja bio je zajedno saVigilijem protivnik Justinijanovaedikta - da se mora osuditišizma izTri poglavlja, u cilju crkvenog jedinstva i pomirenja raznihteoloških struja. Zbog tog je Vigilije odsjedio neko vrijeme u zatvoru uKonstatinopolisu.Kontroverza oko tzv -Tri poglavlja, proizašla je iz pokušaja da se pomireprethalkedonske crkve naBliskom istoku spravoslavljem. Najveći broj kompromisnih rješenja svodio se na osudu nekih radovaistočnih kršćanskihteologa, koji su se uskoro počeli kolokvijalno zvati -Tri poglavlja. Na kraju je osuda službeno prihvaćenacarskimediktom543., oni kojibiskupi koji nisu osuđivali te radove, bili bi optuženi zaherezu inestorijanizam.
Nakon ustoličenja za papu Pelagije je promjenio stav i prihvatio Justinijanov edikt. Takva politika, teško je oštetila ugled papa uSjevernoj Italiji,Galiji izapadnoj Evropi, tako da su njegovi nasljednici, idućih 50 godina imali puno muka da vrate ugled i umanje štetu.
