Grad su pod imenomZancle (dosl. srp, zbog oblika luke) u8. vijeku pne. osnovaligrčkikolonisti izHalkide.[1] Nakon poraza ubitci kod Lade (494. pne.), stanovniciSamosa iMileta, bježeći predPerzijancima, uz pomoćtiranina Anaksilasa izRegiuma zauzeli su Zancle.[1] Novi kolonisti promjenili su mu ime uMessena u čast svog rodnog kraja uMeseniji naPeloponezu. Nakon što su uspjeli vratili svoju nezavisnost, grad su396. pne. razoriliKartažani pod vodstvom generalaHimilkona.[3] Ponovno ga je zauzeo i obnoviosirakuški tiraninDionizije I, pa je nakon toga bio uključen u rat između Kartažana i sirakuškog tiraninaAgatokla. Grad je pao289. pne. u rukemamertinskimnajamnicima u službi sirakuškog kralja Agatokla, koji ga je pretvorio u centar svoje dominacije na Siciliji. Pritisnuti s jedne strane Sirakužanima i s druge Kartažanima, Mamertinci su se264. pne. povezali s Rimljanima. Nakon tog je uslijedilarimska vojna intervencija koja je na kraju dovela doPrvog punskog rata, za vrijeme kojeg je Messena postao slobodni grad i saveznik Rima.[3]
Najznačajniji spomenici Messine su dvije preživjele starine,katedrala i crkva Annunciata dei Catalani, koja je možda još izbizantskih vremena i koju su obnoviliNormani u12. vijeku. U Nacionalnom muzeju čuvaju se umjetnine spašene nakon potresa1908. godine.[3] Messina imauniverzitet koji je osnovan još1548. godine, Pomorski biološki institut i Botanički vrt.[3]