Megabat je bioMegabazov sin, rođakDarija Velikog isatrapaArtaferna Starijeg, teperzijskiadmiral[1] na prijelazu iz6. u5. stoljeće pne. Premagrčkim povjesničarima, kasnije je služio kaosatrapFrigije[2][3][4], dok glineni zapisi izPerzepolisa spominju Megabata na mjestu satrapaArahozije[5]. Najpoznatiji je poHerodotovim pričama o neuspješnoj opsadiNaksosa499. pne. koju je vodio zajedno samiletskim vladaromAristagorom[6]. Megabata je na mjesto vođe ekspedicije postavio njegov rođakArtafern[1],satrap koji je vladao izlidijskog gradaSarda.
PremaHerodotu, Megabat je zbog svađe sa Aristagorom upozorio stanovnikeNaksosa na nadolazeću opsadu[1], nakon čega su prikupili dovoljno zaliha i izdržali četiri mjesecajonsko-perzijske opsade[7]. Pretpostavlja se kako je Megabatov motiv bio posramiti Aristagoru na perzijskom kraljevskom dvoru zbog nesuglasica prilikom plovidbe prema otoku.Aristagorin neuspjeh protiv Naksosa bio je motiv za podizanjejonskog ustanka[8], što je pak kasnije dovelo dogrčko-perzijskih ratova[9].