Većina otoka su planinski, neki s aktivnimvulkanima, a imaju vlažnuklimu.Vegetacija malih i uskih otoka, koje okružuje more, je prilično bujna; uključuje kišne šume,sago,rižu, i slavnezačine -muškat,klinčić,macis i dr. Veliki dio prvotnog domorodačkog stanovništvamelanežanskog porijekla na otocima, pogotovo naBanda Otocima, je ubijen tokom 17. vijeka. Drugi valmalajskih imigranata je započeo u 20. vijeku podnizozemskom i nastavio se pod indonežanskom vlašću.
Maluku Otoci su u političkom smislu tvorili jedinstvenuindonežansku provinciju od 1950. do 1999. Godine 1999.regentstva Sjeverni Maluku (Maluku Utara) i Halmahera Tengah (Centralni Halmahera) su odvojena u posebnu provinciju , tako da se otoci sada dijele na dvijeprovincije,Maluku iSjeverni Maluku. Između 1999. i 2002. otoci su bili poznati po žestokim vjerskim sukobima između muslimana i kršćana.
